מבקר המדינה, השופט (בדימ.) מיכה לינדנשטראוס קובע (יום ד', 13.10.10) בדוח שחיבר, כי למרות שהבחירות לרשויות המקומיות בשנת 2008 ככלל התקיימו כהלכתן, מצא מספר כשלים בסיסיים, חלקם כבדי-משקל, באופן ההיערכות של המפקח הארצי ושל הרשויות המקומיות לקראת הבחירות.

לדבריו, תקציב המדינה שיוחד לניהול הבחירות היה כוללני בלבד ולא איפשר קיום בקרה תקציבית נאותה על ההוצאות לסוגיהן, כך שלמעשה לא היו בידי משרד הפנים נתונים על העלות הממשית של הבחירות לרשויות המקומיות שהתקיימו בנובמבר 2008. הכנתו והגשתו של תקציב באופן כזה הביאו לידי בזבוז וחוסר תכנון מראש בפעולותיו של המפקח הארצי.

בין הכשלים שנמצאו היה תשלום של כ-294,000 שקלים עבור שכירות לשלושה ימים ותשלום של כ-80,000 שקלים עבור שירותי הסעדה שנעשו בשל תכנון ראשוני לקוי, היערכות מאוחרת, הימנעות מחיפוש פתרונות חלופיים ונקיטת הליכי התקשרות לא נאותים.

עוד ציין המבקר כי 50,000 סוגרי מתכת לתיבות הקלפי ("פלומבות") נרכשו אף שלפי "תוכנית ההפצה" היה צורך בפחות מ-20% מכמות זו.

בדוח מציין המבקר, כי מנכ"ל משרד הפנים דאז מינה 148 עובדים של משרד הפנים לתפקיד שהוגדר "מנהל בחירות מטה" לפרק זמן של חודש עד ארבעה חודשים וחצי, בכלל זה גם כל עובדי יחידת המפקח הארצי. מנכ"ל משרד הפנים לא קבע את סמכויותיו וחובותיו של כל עובד ואת אופן המינוי. לכל עובד שמונה לתפקיד שולם בכל תקופת כהונתו, נוסף על משכורתו החודשית, שכר בשיעור 70% משכר דרגה אחת מעל דרגתו הקבועה. התנאי היחיד לתשלום השכר הנוסף היה שכל עובד יעבוד עשר שעות נוספות בכל חודש. העובדים לא נדרשו לדווח אם אכן עבדו בשעות הנוספות שאושרו להם.