משרד הבריאות הפר במשך חצי שנה הוראה של בית המשפט המחוזי בירושלים, ולפיה היה עליו להשעות את ד"ר נדב שפר מתפקידו כמנהל היחידה לאביזרים ומכשירים רפואיים. כך קובע סגן נשיאת בית המשפט המחוזי בירושלים,
צבי סגל.
שפר הורשע בדין משמעתי בכך שנהג לצאת ממקום העבודה לענייניו הפרטיים בלא להחתים את כרטיס הנוכחות, בכך שבמקרה אחד הוחתם כרטיסו בידי אחר לפני שהגיע למשרדו, ובכך לימד במכללת אפקה בתל אביב ללא היתר.
בית הדין המשמעתי החמיר בעונשו של שפר יותר מכפי שביקשה נציבות שירות המדינה וגזר עליו הפקעת משכורת אחת, נזיפה חמורה, הורדה בדרגה למשך שנה וחצי, פסילה מתפקידי ניהול למשך שנתיים והורה להעבירו לאלתר מתפקידו.
ביולי 2010, ארבעה חודשים לאחר פסק הדין, הגיש שפר לבית המשפט המחוזי בקשה לעיכוב עונשו, אך סגל דחה אותה. כאשר החל הדיון בערעור, בספטמבר שעבר, התברר לסגל ששפר עדיין ממלא את תפקידו - חצי שנה לאחר שבית הדין הורה להדיחו מיידית.
למרבה ההפתעה, נציגת המדינה הצדיקה מחדל זה, כאשר הביעה תמיכה בקבלת ערעורו של שפר על הדחתו ואף אמרה שקיים "קושי אמיתי" בהעברתו מן התפקיד. בדיקה שנערכה לדרישת סגל העלתה, כי הנהלת משרד הבריאות החליטה להתעלם מפסק הדין ולהותיר את שפר בתפקידו, בשל "מצוקת כוח אדם חריפה". אך סגל קובע, כי לא הוכח לו ששפר הוא האדם האחד והיחיד היכול למלא את התפקיד, וסביר להניח שהיה מקיים חפיפה מסודרת עם יורשו.
סגל מותח ביקורת קשה על השתלשלות הדברים: "עסקינן במחדל רבתי חמור, מתמשך ורב משתתפים, שעל כל הגורמים המוסמכים - הבכירים ביותר - ליתן עליו את דעתם, לאחר חקירה ודרישה יסודית, לבל יישנה בעתיד.
"...בלתי מתקבל על הדעת, כי נושאי משרות בכירות במערך השירות הציבורי במשרד הבריאות יעמדו חסרי אונים או אדישים משך תקופה ממושכת לנוכח החלטות של גופים שיפוטיים, תוך שיכפיפו עצמם לצורכי השעה ולא לדין. דוגמה אישית והתנהלות למופת היא הנדרשת בנסיבות העניין, לבטח כאשר הדין המשמעתי ניצב על שולחן הדיונים".
עוד אמר סגל, כי בית המשפט אינו חותמת גומי להסכמות בין הצדדים, ולכן הסכמת המדינה לביטול הדחתו של שפר אינה מחייבת אותו. הוא מצא, כי צדק בית הדין המשמעתי בהחלטתו להחמיר בעונשו של שפר מעבר לבקשת נציבות שירות המדינה, ואישר את עונשו על כל מרכיביו - כולל ההדחה.