עלות הנזקים למשק ולסביבה מאי-הספקת מים לציבור גדלה ככל שתקופת המחסור מתארכת. למרות זאת, בדיקתו של
מבקר המדינה מעלה (יום ג', 1.5.12) כי מרבית ההסכמים להקמת מתקני התפלה בישראל סבלו מעיכובים שונים וארוכים.
הממשלה קבעה כי עד שנת 2013 תסופק כמות של 600 מיליון מטר מעוקב מים מותפלים בשנה. בסוף שנת 2011 הסתכמה כמות המים המותפלים בכ-292 מטר מעוקב לשנה בשלושה מתקנים להתפלת מי ים - כך שלא נראה שהיעד יושג.
כך למשל, רק באוקטובר 2011 החלה הקמת מתקן התפלה באשדוד אף על-פי שמתוקף החלטת ממשלה מאפריל 2001 הוא אמור היה לקום עד מרס 2003 על-ידי מקורות. הסכם להקמתו של מתקן התפלה נוסף בגליל המערבי בוטל בינואר 2007 וטרם נקבע אתר חדש להקמתו. חברת מקורות מבצעת במסגרת עבודות הפיתוח שלה גם את חיבור מתקני התפלת מי הים למערכת הספקת המים הארצית. משרד המבקר קובע כי אי-הקמת המתקן באשדוד במשך עשר שנים מעידה על כשל מתמשך ובעיית משילות חמורה של הממשלה אשר פוגעים באינטרס הציבורי.
עוד נמצא כי אופן קביעת המחיר עבור המים המותפלים במתקן באשדוד בידי ועדת המכרזים הבין-משרדית להתפלת מי ים בסוף שנת 2009, אחרי שחברת-הבת מקורות ייזום כבר סיימה את הליך המכרז לבחירת קבלן להקמת המתקן, הביא למחלוקת ממושכת בין ועדת המכרזים לבין מקורות ייזום על מחיר המים. אי-ההסכמה על מחיר המים עיכבה במשך שנה ושמונה חודשים נוספים את יישום החלטת הממשלה להקים את המתקן.
עוד נמצא כאמור כי בין 2007 ל-2009 לא קידמה רשות המים את התוכנית להקמת מתקן ההתפלה בגליל המערבי, ומועד הפעלתו נדחה משנת 2013 לשנת 2015 וכי ועדת המכרזים לא השיגה עבור כמות המים הנוספת מהרחבת המתקן בחדרה, שהיה באותה עת בשלבי הקמה, מחיר נמוך יותר ממחיר המים במתקן המקורי, כמו שקבעה במתקנים באשקלון ובפלמחים. כמו-כן, ועדת השיפוט של רשות המים שינתה שלוש פעמים את האומדנים להקמת המאגר של מתקן ההתפלה בחדרה ואישרה תקציב ביצוע שהיה גבוה בכ-25% מסכום האומדן. התיקונים באומדני עלויות המאגר מעידים על תכנון לקוי ולא מגובש של הפרויקט.
לבסוף, נמצא גם כי מקורות משלמת לחברה לפיתוח קיסריה עבור חכירת שטח המאגר ממנה פי 7.7 מהשמאות שהוכנה עבורה, במונחים דולריים.
ריכוזיות בענף
משרד המבקר מעיר כי היזם הפרטי שזכה במכרז להקמת מתקן התפלה בשורק שותף -
קבוצת דלק - מעורב בשלושה מחמשת מתקני התפלה בהיקף של כ-400 מיליארד מטר מעוקב בשנה שהם כ-70% מכמות המים שיותפלו בסך הכול במתקנים בישראל עד שנת 2013. הבעלים של קבוצת דלק,
יצחק תשובה, הוא גם הבעלים של חברות בתחום הספקת גז, דלקים ותחנות כוח פרטיות במשק הישראלי המספקות גם אנרגיה למתקני ההתפלה. לפיכך, קובע המבקר נוצר מצב של אינטגרציה אנכית בתחום הספקת הגז הטבעי, ייצור החשמל והתפלת מי ים וחשש ליצירת כוח שוק לא רצוי בענף המים המותפלים ולהרחבת הריכוזיות המשקית בידי היזם הפרטי.
משרד מבקר המדינה ממליץ למשרד האוצר, למשרד התשתיות, לרשות המים ולוועדת המכרזים, כי במכרזים להקמת מתקני התפלה נוספים בעתיד עליהם לבחון את יישום מדיניות הממשלה להגברת התחרותיות במשק המים. עליהם לעשות זאת באמצעות שילוב שיקולים נוספים בעת בחירת המציע הזוכה.
עוד קובע המבקר כי על הגורמים האחראים - רשות המים, משרד התשתיות הלאומיות ומשרד האוצר ובכללם ועדת המכרזים הבין-משרדית להתפלת מי ים - להבטיח את הקמת המתקן בגליל המערבי ואת הספקת המים ממנו, בהתאם להחלטת הממשלה.