במערכת הביטחון הוחלט על תגובה קשה וכואבת, אשר עשויה להתבצע כבר הלילה (יום ד'). ראשי מערכת הביטחון ממתינים לאישור של ראש הממשלה, השוהה בהודו. ההערכות הן, כי המטרות כבר סומנו.
המזכיר הצבאי של ראש הממשלה, אריאל שרון, עידכן את שרון מייד לאחר הפיגוע השני (יום ג', 9.9.03) שאירע בירושלים בקפה הלל שברחוב עמק רפאים. דווח, כי בפיגוע נהרגו לפחות שישה ישראלים [ראו קישור].
ראש הממשלה מעודכן בפרטי האירוע גם מדיווחים שמגיעים אליו מהקרייה. זמן קצר לאחר הפיגוע בצריפין אמר ראש הממשלה בתדרוך עיתונאים שקיים בהודו, כי "הטרור לא ינצח, אלא אנו ננצח את הטרור", כך לדבריו.
פמליית ראש הממשלה הודיעה באופן רשמי כי שרון מקצר את ביקורו בהודו ביום אחד, וישוב לישראל בערב (יום ד'). גורמים מדיניים העריכו, כי צפויה תגובה כואבת לפיגועים אלה. הפיגוע אירע בזמן ששר החוץ, סילבן שלום ושר הביטחון, שאול מופז, קיימו הערכת מצב עקב הפיגוע בצריפין, בו נהרגו שבעה חיילים.
