צמצום הזמן בו יכול היה פקיד השומה לדחות השגה על שומה לפי מיטב השפיטה, חל גם על התקופה שבין מאי 2004 לאפריל 2007. כך קובע (יום א', 6.1.13) בית המשפט העליון.
מעת שהגיש הנישום דוח שומה עצמית - נפתח מרוץ זמנים: אם בתוך שלוש שנים מתום שנת המס שבה נמסר הדוח לא הכין הפקיד שומה לפי מיטב השפיטה - יש מעין "אישור אוטומטי" של השומה העצמית. מרוץ זמנים דומה מתחיל מעת שהגיש הנישום השגה, רק שסד הזמנים במקרה כזה הוא שנה, דהיינו: אם בתוך שנה מיום הגשת ההשגה לא הגיע הפקיד להחלטה או להסכם עם הנישום - יש "אישור אוטומטי" של ההשגה.
באפריל 2007 קבע בית המשפט העליון, כי מרוץ הזמנים נפסק רק כאשר נתן פקיד השומה החלטה וזו הועברה לידיעת הנישום. בכך תוגשם התכלית שעומדת ביסוד קביעת סד הזמנים: צמצום חוסר הוודאות בה שרוי מי שטרם ניתנה בעניינו החלטה. מאוחר יותר קבע בית המשפט העליון, כי הלכה זו תחול גם על הליכי מס שבהם נתן פקיד השומה החלטה מיום 23.5.2004 והלאה.
בשלושה ערעורים על החלטה של שופט בית המשפט המחוזי בתל אביב,
מגן אלטוביה, נדרש בית המשפט העליון לשאלה מה הדין במקרים בהם החלטת פקיד השומה הועברה לידיעת הנישום לאחר המועד הקבוע בחוק, אולם הנישום ידע עוד קודם לכן על כוונה עקרונית לתת החלטה בעניינו, ואף על מגמתהּ של ההחלטה.
השופט
ניל הנדל קובע, כי גם במקרים אלו יחול מרוץ הזמנים המצומצם שנקבע באפריל 2007 בתחולה מאז מאי 2004. הוא דוחה את עמדת המדינה ואומר: "הרצון להתמקד בתקופת 'בין השמשות' ולהחיל עליה כללים מיוחדים - אין לו עיגון בדין ולא אחיזה בפסיקה". לדבריו, למעשה מנסה המדינה לפתוח מחדש את הדיון בהלכה שצימצמה את מרוץ הזמנים.
הנדל (יליד ארה"ב) מעיר: "ידיעה משוערת של הנישום אודות תוכן ההחלטה איננה משרתת תכלית זו באופן מספק. כאמור, ידיעת הנישום במקרים שלפנינו היא רק אודות תוכן ההחלטה, ולא אודות עצם משלוח ההחלטה. ובכלל, בפראפרזה על מטבע הלשון שטבע פעם שחקן הבייסבול האגדי יוגי ברה: 'רק כשזה נגמר - זה באמת נגמר'. במילים אחרות, כל עוד לא הועברה לידיעת הנישום ההחלטה החתומה כדת וכדין - לא מסתיים מבחינתו עידן חוסר הוודאות".
בית המשפט העליון קיבל את ערעוריהם של יגאל דור-און (בן-זוגה של עו"ד ורד פרי, שהובילה את המאבק להכרה בהוצאות לטיפול בילדים), שיוצג בידי עוה"ד יעקב גולדמן, אורי גולדמן ואינגה אייזנברג; חברת תיעוש אחזקה ותפעול מערכות, שיוצגה בידי עו"ד רחל כץ; וחברת י.מ.ש השקעות של עו"ד יוסי שגב, אשר ייצג אותה יחד עם עו"ד תומר שגב. את המדינה ייצגו עוה"ד קמיל עטילה ואורית וינשטיין.