בכירים בצמרת המשטרה ובצמרת המשרד לביטחון פנים קוראים למבקר המדינה לחקור התערבות פוליטית של לשכת השר לביטחון פנים, יצחק אהרונוביץ', בפעילות משטרת ישראל תוך יצירת נתק בין לשכתו לבין לשכת המפכ"ל באופן שפוגע באופן מהותי בפעילות המשטרה.

"אמנם במשטרה לא היה מסמך כזה כמו מסמך הרפז, אך מדובר בהתנהלות דומה של דרג פוליטי מול המבצעי המחייבת בדיקה מעמיקה והצבת גבולות ברורים כדי למנוע המשך פגיעה בתהליכי עבודה במשטרה, בלחימה בפשע ולמנוע מינויים של אנשים לא מתאימים לתפקידים בכירים", אמרו אותם בכירים.

העיתונאית עדי מאירי חשפה כי מחוז ש"י של המשטרה, אחד המחוזות הנפיצים ביותר מבחינת הפעילות של משטרת ישראל, פועל כבר תקופה ארוכה ללא מפקד לנוכח חילוקי דעות בין לשכת השר אהרונוביץ' לבין לשכת הרמטכ"ל, רב-ניצב יוחנן דנינו.

מדובר, למעשה בהמשך של אופן הפעולה של השר אהרונוביץ' אל מול המפכ"ל לשעבר דודי כהן. תקופת כהונתו של כהן כמפכ"ל התאפיינה בנתק כמעט מוחלט בינו לבין השר הממונה, אשר רואה עצמו כ"מפכ"ל על". כהן ראה את הניסיון של אהרונוביץ' להתערב בעבודת המשטרה כפוליטי ולא תקינה ולא הניח לאהרונוביץ' לעשות כרצונו. כך לדוגמה התנגד כהן לרצונו של אהרונוביץ' לחלק את המחוז הצפוני לשני מחוזות שונים. עוד התערב אהרונוביץ' באותה תקופה להארכת הקדנציה של שני קצינים בכירים - ראש אגף התכנון, דוד קראוזה, וראש אמ"ש, עמיחי שי. בשל התערבות זו נאלץ כהן, שהיה סבור כי מדובר בהתערבות פוליטית ולא ראויה, להאריך את כהונתם למרות שהשניים היו אמורים לפרוש.