בביקורת שעשה משרד מבקר המדינה בשנת 2006 נבדקו כמה היבטים בטיפול בבחינות הבגרות, ובהם טוהר בחינות הבגרות. המבקר חזר במהלך 2012 לבחון את הנושא בבחינת מעקב, ומצא כי בשנים שחלפו מאז הביקורת הקודמת לא הצליח משרד החינוך לצמצם את שיעור הנבחנים שהפרו את כללי טוהר הבחינות. כך עולה (יום ד', 8.5.13) מפרסום דוח המבקר לשנת 2012.

יש לציין, כי משרד החינוך "הקדים תרופה למכה" לאחרונה, ופרסם בחודש שעבר נתונים, מהם עולה כי היקף המחברות הפסולות בארבע השנים האחרונות ירד בחדות, וכי בשנת תשע"א חלה ירידה חדה בהיקף של עשרות אחוזים בשיעור המחברות הפסולות.

נתוני המבקר מראים תמונה מעט שונה, ומגלים כי במרבית מועדי הבחינות בשנת תשע"א (2011-2010) שיעורם של הנבחנים שהפרו את הכללים אף היה גדול יותר מזה שנמצא בביקורת הקודמת.

המבקר מציין כי משנת 2008 ואילך הועלתה בחריפות במשרד החינוך סוגיית המעורבות של עובדי הוראה בבתי הספר בהפרות חמורות של כללי טוהר הבחינות. מעורבות כזו דורשת נקיטת פעולות נחרצות לאלתר נגד המפרים את הכללים. משרד החינוך עצמו סבור שאין די בפעולות שננקטות לטיפול בסוגיה, אולם עד שנת 2012 הוא לא עשה די למיגור התופעה ולהתמודדות נמרצת עמה. לא נעשתה עבודת מטה לגיבוש דרכי פעולה מתאימות; בחוזר מנכ"ל בנושא טוהר הבחינות לא נקבעו מפורשות דרכי פעולה לטיפול בעובדי הוראה או באנשי צוות אחרים בבתי הספר אשר הפרו את כללי טוהר הבחינות, למעט האפשרות להשעות מורים מהשגחה על בחינות.

משרד החינוך מצידו, פרסם כי במהלך השנה החולפת מנכ"ל המשרד קיימה שימועים למנהלי בתי ספר שהיה לגביהם חשד להעתקות המוניות ופגיעה בטוהר הבחינות.

המבקר מצידו מציין כי ועדת בירור במשרד החינוך בראשות מנהלת האגף לחינוך על-יסודי בודקת מידע המתקבל באגף הבחינות בדבר עובדי הוראה שעברו על כללי טוהר הבחינות. הוועדה פועלת בלי שמשרד החינוך קבע את הרכבה ואת סמכויותיה, את דרכי פעולתה, את אמות המידה לקבלת החלטותיה ואת החובה לנמקן ואת האופן שבו יש לתעדן.

בסיכום דבר, קובע המבקר כי הביקורת הנוכחית העלתה שהצוות לתיקון ליקויים שהקים משרד החינוך לא עסק בממצאים עיקריים שעלו בדוח הקודם, למשל במשמעות הנתונים על היקף העברות על כללי טוהר הבחינות; בהפעלת אמצעי המשמעת והענישה שנקבעו בחוזר טוהר הבחינות; ובבדיקת האפשרות לנקוט אמצעי משמעת נוספים כלפי מי שעברו על הכללים בתחום זה, ובעיקר מורים ובתי ספר. "המשרד לא פעל בחמש השנים שחלפו ממועד פרסום ממצאי הביקורת הקודמת לתיקון חלק ניכר מהליקויים האלה", קובע המבקר.