הבורר השופט (בדימוס) אריה רזי הגיע לידי מסקנה כי תלונתו של שאול כרמלי מוצדקת ועל כן הוא ממליץ למבקר המדינה להעניק לכרמלי צו הגנה קבוע. בהתאם לצו זה קבע הבורר תימנע הנהלת נמל חיפה מלנקוט כל צעד או הליך שיש בו או בתוצאותיו כדי להביא לפיטוריו או לפגיעה במעמדו, בתפקידו, בתנאי העסקתו או בזכויותיו של כרמלי כעובד, אך ורק בשל כל אחד מן העניינים שנדונו בפניו.

כרמלי עובד בנמל חיפה מאז שנת 1992 בשנים האחרונות בתפקיד אתת. גולת הכותרת של פעילותו כחושף שחיתויות הייתה בפרשה שכונתה "פרשת גוזלן" במסגרתה הגיש כרמלי לרשויות הנמל ולמשטרת ישראל בשנת 1999 תלונה נגד אשר גוזלן אשר כיהן כחבר ועד הממונה על סידור העבודה בסקטור הסווארים בנמל חיפה.

לפי הנטען בתלונה גוזלן ניצל את מעמדו על-מנת להיטיב עם עצמו ועם מקורביו על-ידי מתן עדיפות בסידור העבודה במשמרות כאשר לאותה עדיפות הייתה משמעות כספית ברורה, לגוזלן ולמקורביו.

עוד נטען כי מספר גורמים בנמל וביניהם רמ"ח משאבי אנוש דאז יעקב לטבינסקי שיתפו פולה בניסיונה של הנהלת הנמל לטייח את ממצאי הביקורת החמורים שנמצאו בעניינו של גוזלן. דוח של מבקר הפנים של רשות הנמלים מנובמבר 2002 מצא כי רוב טענותיו של כרמלי כנגד גוזלן הינן אמתיות.

מבקר הפנים מצא עוד כי הנהלת הנמל נקטה סחבת בהתייחסותה לתלונות נגדו, וכי העונש שהושת על גוזלן בתום הבירור המשמעתי הראשון הינו בלתי מידתי בקלותו, בשים לב לחומרת מעשיו, וכי הבירור המשמעתי הנוסף נועד למראית עין ומטרתו הייתה להביא לניקויו של גוזלן מההאשמות נגדו.

בסופו של דבר נאלץ גוזלן להפסיק את עבודתו בנמל חיפה (פרישה ללא תנאים מיטביים). כרמלי זכה בעטיה של פרשת גוזלן בפרס אביר איכות השלטון לשנת 2003 בקטגוריית טוהר המנהל הציבורי ותקינותו. גם לאחר פרשה זו המשיך כרמלי את מאבקו למען מנהל תקין בנמל חיפה.

בשנים 2008-2009 פנה כרמלי אל מבקר הפנים ומנכ"ל הנמל בשני מכתבים שעניינם בחשדות וליקויים המתרחשים לכאורה במחלקת הבינוי בנמל.

ביולי 2009 החליט מבקר המדינה על הוצאת צו הגנה מפני פיטורים או הרעת תנאים מנת להגן על זכויותיו של כרמלי, זאת עד למיצוי הבירור בתלונתו בנוגע לפגמים שנפלו במכרז הפנימי שפרסמה הנהלת הנמל במרץ 2009 לתפקיד עוזר מבקר הפנים בנמל.

בתלונתו קבל כרמלי על התנהלות הנמל סביב אירועי המכרז בו התמודד על התפקיד המהווה חלק ממסכת ההתנכלויות כלפיו בגין חשיפת מעשי שחיתות ומעשים בלתי תקינים על ידו בחברה.

לדברי כרמלי, המכרז היווה "נקודת הזנק" למסכת התנכלויות כלפיו על-רקע כלל החשדות שחשף בפרט על-רקע החשדות לשחיתות במחלקת הבינוי. כרמלי טען בפני המבקר כי הוא זקוק לצו הגנה למניעת פיטוריו מן הנמל ו\או ניסיונות לפגוע בו בגין פעולותיו לחשיפת שחיתויות ולתיקון ליקויים בהתנהלות הנמל.

מאידך נטען על-ידי הנהלת הנמל כי אין עילה להמשך קיומו של צו ההגנה הזמני, וכי יש להמליץ למבקר המדינה על הסרתו בעיקר נוכח ניצולו לרעה על-ידי כרמלי. זאת מאחר שכרמלי מעניק לעצמו פריבילגיות וזכויות יתר. עוד טענה ההנהלה כי אין לראות בכרמלי כחושף שחיתות אלא כאשם המתריע ומעלה על סדר היום את הנושים הנוגעים לו אישית והעלולים לפגוע בו עצמו.

בפסק הבוררות הגדיר הבורר את יעקב לטבנסקי, סמנכ"ל משאבי אנוש, כ"אדריכל מסכת ההתנכלויות" כאשר המנכ"ל זלצמן היה שותף מלא לאותה מסכת ולפחות הסכים לה בשתיקה ונתן ללטבנסקי יד חופשית לפעול בעניין.

הבורר קבע כי זלצמן ולטבינסקי ניהלו מסכת התנכלויות כלפי כרמלי ובפרט היו אחראים על ביצוע מספר מעשים פוגעים כלפיו.

אשר על כן מצא הבורר כי תלונתו של כרמלי הינה בת בירור ומוצדקת ועל כן הוא זכאי לסעד מכוח חוק מבקר המדינה. סעד שהינו צו הגנה המונע את פיטוריו בשל העניינים אשר נדונו בפניו.

זאת לדברי הבורר בשל חששו של כרמלי כי ללא צו הגנה ימיו בנמל ספורים ופרנסתו בסכנה ברורה ומידית. לדברי הבורר הוא לא מצא כי תפקוד הנהלת הנמל בפרשה שנדונה בפניו לא היה ראוי במידה שיש בו כדי לשלול את מתן הסעד של צו הגנה.

עם זאת לא חסך הבורר את שבטו מכרמלי וקבע כי הוא התגלה לעתים כאדם שהאמת איננה נר לרגליו וכן אדם חששן וחשדן הרואה את העולם בצבעים של שחור ולבן כמי שמי שלא אתו הוא כנראה נגדו.

הבורר ציין כי על כרמלי לזכור כי הוא בראש ובראשונה עובד חברת הנמל ולא מנהלה וכי אין לו זכויות יתר או פריבילגיות בהשוואה לכלל העובדים בנמל, ודינו כדין יתר העובדים.

משכך הוסיף הבורר, שכרמלי אינו רשאי להחליט מי הם הגורמים אשר יכהנו בוועדות השונות או מי הם הגורמים שייעצו לאותן ועדות. בנוסף, כרמלי אינו רשאי להציב שורה של תנאים מקדימים כתנאי להתייצבותו בפני הועדות אליהן הוא נקרא, ואם מתרחשים אירועים שיש לבדוק אותם אזי מוטלת עליו החובה לסייע לבודקים ובוודאי שלא להערים עליהם קשיים.

לסיכום קבע הבורר כי מצא את תלונת כרמלי בת בירור ומוצדקת ועם זאת הוא אינו טלית שכולה תכלת ואולם הוא זכאי לצו הגנה.

הבורר קבע עוד כי על הנהלת הנמל לשלם לכרמלי את סכום הבונוס ששולם לעובדים האחרים. כרמלי הגיש לבית המשפט המחוזי בחיפה בקשה לאישור פסק הבוררות.