מבקר המדינה,
יוסף שפירא, הודיע (יום א', 29.6.14) ליו"ר קק"ל,
אפי שטנצלר, כי החליט שב-20.7.14 יתחיל משרד מבקר המדינה לבצע ביקורת בקק"ל. לדברי משרד המבקר, בכך שם שפירא
קץ לנסיונות למנוע את החלת הביקורת על קק"ל.
משמעות ההודעה היא, שמשרד המבקר יתחיל לבדוק במישרין אל קק"ל, ולא רק בעקיפין - דרך משרדי ממשלה הקשורים אליה. הארגון יוכל לעתור לבג"ץ נגד ההחלטה, שהיא חלק ממאמץ משולב של שפירא ושל שרת המשפטים,
ציפי לבני, להחיל עליו כללי שקיפות לנוכח ההיקף הגדול של פעילותו ואופייה הציבורי.
בבסיס הביקורת, בשלב זה, תעמוד האמנה שנחתמה בשעתו בין מדינת ישראל לבין קק"ל ושעל פיה הייתה אמורה לקום מועצה משותפת בה 13 חברים - שישה נציגי ממשלה ושבעה נציגי קק"ל - לענייני הכשרת קרקע ופיתוחה. תפקיד המועצה אמור היה להיות קביעת מדיניות, אישור הצעת תקציב של מינהל פיתוח הקרקע בקק"ל ופיקוח על פעולותיו.
המבקר התריע על כך שהמועצה לא פועלת כבר שנים רבות, גם בדוח שנתי 64ג שפורסם בחודש מאי האחרון ועוד בדוח שנתי 54ב שפורסם בידי
אליעזר גולדברג לפני עשר שנים. הממשלה הודיעה בתגובתה לשני הדוחות שהמועצה תוקם בקרוב, אך הדבר לא נעשה.
קק"ל מסרה בתגובה, כי היא מברכת על החלטתו של שפירא ועל בחינת יישום הנושאים המצויים באמנה בינה לבין הממשלה. לטענת קק"ל, ביקורת זו מבוססת על הסכמתה הוולונטרית להחיל את ביקורת המדינה בנושאים שונים, המשיקים לתחומים בהם פועלת המדינה. "קק"ל תשתף פעולה עם משרד המבקר ואף העבירה אליו מיוזמתה כבר בחודש שעבר את דוחותיה הכספיים לשנים 2013-2012", נאמר עוד.