השלמת פרויקט A1, קו הרכבת המהיר ממטרופולין תל אביב לירושלים מתעכבת וישנה דחייה של חודשים ספורים בהשלמתו בשל הגדלת היקף העבודה על-ידי חברת הרכבת. כך עולה מתשקיף של חברת שפיר הנדסה, בונה את קטע ג' של הפרויקט.
תחילת הפרויקט בנובמבר 2009, ועל-פי החוזה התחייבה הקבוצה המורכבת משפיר ומחברה זרה משוויץ (שותפות 50:50) להשלים את הפרויקט בתוך 63 חודשים, עד פברואר 2015. אולם בפועל תתעכב השלמתו במספר חודשים. נכון ליוני 2014 בוצעו 85% מהפרויקט.
קטע ג' כולל צמד מנהרות באורך 1.2 ק"מ ועוד צמד מנהרות של 11.6 ק"מ, הנכרות באמצעות שתי מכונות כרייה TBM שנרכשו ב-160 מיליון שקלים. במסגרת פרויקט זה, גם בניית גשר באורך של כ-144 מטר.
מחלוקת התעוררה בין שפיר והשותף השוויצרי לרכבת ובין הצדדים נחתם הסכם פשרה בפברואר 2012. השותפים תבעו פיצוי וטענו כי הרכבת אשמה בעיכוב. בהסכם הפשרה נקבע ש
רכבת ישראל תשלם למיזם המשותף 226 מיליון שקל וכמעט כל הסכום (213 מיליון) שולם. עוד סוכם כי ככל שיתרחש עיכוב נוסף אשר לגביו לא תושג הסכמה עם רכבת ישראל, עשויה הקבוצה להיות מחויבת בתשלום פיצוי לרכבת ישראל בסכום לא מהותי.
החוזה בין הצדדים נע סביב 1.6 מיליארד שקלים. רכבת ישראל שילמה עבורו 133 מיליון ב-2011 - השנה בה החלו כמעט כל העבודות; 234 מיליון שקל ב-2012; 375 מיליון ב-2013 ועד יוני השנה שולמו עוד 174 מיליון שקלים.
שפיר ושותפהּ קיבלו מימון מהבנק בסך 30 מיליון שקל אשראי ועוד ערבויות ב-15 מיליון שקל - ערבות ביצוע להבטחת תשלומי מקדמה וערבות בדק (תיקונים וכו'). שפיר והשותף שעבדו כל מיני זכויות של המיזם - לא ברור אם נכסים, כספים או שניהם יחד.
מרכבת ישראל נמסר ל-News1 כי התארכות הביצוע מעבר למועד החוזי שנקבע אינה נובעת בגלל תוספת עבודה שכוללת תכולת עבודה קטנה, אלא משום שתוך כדי עבודה נפתח פער בין קצב הכרייה המתוכנן לבין הקצב בפועל. בחברה מבהירים כי אין מדובר בעיכוב משמעותי מבחינת לוחות הזמנים להפעלת הקו.
עוד התייחסו ברכבת ישראל לסטיית הכרייה שהתגלתה לפני חודשים אחדים, וציינו כי היא הייתה מזערית ותיקון הסטייה לא גרם לעיכוב בלוחות הזמנים להפעלת הקו. "כריית המנהרה היא תהליך הנדסי מורכב ומסובך. במהלך העבודות התגלתה סטייה של מספר סנטימטרים מנהרה מס' 3", לשון התגובה.