"המקום הראוי למשמר החופים הוא במשרד להגנת המולדת, ואיננו רוצים להיכפף למשרד ההגנה", אומר אדמירל פול אף זוּקוּנפט, מפקד משמר החופים האמריקני.
באחרונה תמהו סנאטורים וצירים בבית הנבחרים, במסגרת דיוני התקציב, מדוע החיל אינו כפוף לפנטגון. כך, למשל, הציר הרפובליקני דאנקן האנטר מקליפורניה, יו"ר תת-הוועדה לתחבורה ולתשתית בבית הנבחרים, אמר שהמקום הראוי למשמר החופים הוא תחת פיקוד משרד, שמכיר את פעולתו ויכול להשיג לו משאבים. לכן, לדעתו, האינטרס הלאומי האמריקני דורש להעביר את משמר החופים לפנטגון.
בשנים 1967-1790 היה משמר החופים במשרד האוצר האמריקני. בשנים 2003-1967 עבר ל
משרד התחבורה, ואז הוכפף למשרד לביטחון המולדת, שהוקם רק בתחילת שנות האלפיים. במלחמות העולם ובמלחמת ויטנאם הוכפף משמר החופים למשרד חיל-הים האמריקני.
המשרד לניהול ולתקציב הציע לא מזמן לקצץ 1.3 מיליארד דולר מתקציב משמר החופים, שגודלו כעשרה מיליארדי דולר בתקציב 2018, שנידון עתה בקונגרס. ההצעה בוטלה רק לאחר שעוררה כעס רב בחוגים ימיים.
לדברי אדמירל צ'ארלס די מישל, סגן-מפקד משמר החופים, השילוב בין משמר החופים לבין רשויות המכס ומעברי הגבול וגם בינו לבין רשות ההגירה מצוינים. זאת למרות שבפעילות משמר החופים יש היבטים צבאיים, והוא זרוע חשובה של הכוחות המזוינים.
על-אף שמדובר במתחם בעל ערך היסטורי ואדריכלי רב, המתחם נמצא מזה שנים במצב של הזנחה מבישה
