"נוסע ברכבת שיחליט להגיע לרכבת בתחבורה ציבורית, עלול לגלות תדירות נמוכה (אם בכלל) של תחבורה שכזאת לתחנת הרכבת. אם יבחר להגיע ברכבו, בחלק מהתחנות הוא עלול שלא למצוא חנייה. לאחר שהגיע לרכבת, הוא יגלה שבקווים רבים תדירות הרכבת נמוכה. רכבת שתגיע עלולה לאחר, ולאחר שיעלה לרכבת בשעות השיא - הוא צפוי לעמוד במהלך הנסיעה עקב הצפיפות הגדולה.
"למרות הגידול במספר הנוסעים בשנים האחרונות, הנסיעה ברכבת עדיין אינה אטרקטיבית דיה וציבור גדול ממשיך להשתמש בכלי רכב פרטיים, למרות הגודש בכבישים. הליקויים שהועלו בדוח מחייבים בדק בית יסודי ב
משרד התחבורה ובחברת הרכבת, בנושא יכולת החברה לתת מענה למספר הנוסעים ההולך וגדל ובנושא השירות לנוסעים". כך קובע (יום ד', 13.3.19)
מבקר המדינה,
יוסף שפירא.
שפירא מגלה, כי התחזיות של מספר הנוסעים ברכבת בשנים 2017-2013 היו נמוכות מהמספר בפועל. הטעויות נבעו בין השאר מאי-היערכות לרפורמה בתעריפים ומחזרת הסעת החיילים ברכבת בימי א'. שיעור הטעות בחיזוי הביקוש לשנת 2017 הגיע ל-25%. הטעויות הקשו על התארגנות הרכבת להסעת הנוסעים ופגעו בטיב השירות - חל גידול בצפיפות בקרונות ובמספר האיחורים.
מחסור בציוד המשמש להסעת נוסעים (קטרים, קרונות וקרונועים) מגדיל את הצפיפות ברכבות, בעיקר בשעות השיא. אין אפשרות להגדיל את תדירות הרכבות במידה מספקת וטיב השירות נפגע. בדצמבר 2015 העריכה הרכבת, כי נדרשת רכישה של 168 קרונות דו-קומתיים, 61 מהם באופן מיידי. חברת הרכבת רכשה במארס 2016, באישור משרד התחבורה והחשב הכללי, 60 קרונות, ובשנים 2017-2016 הזמינה 81 קרונות נוספים. רכישות אלו בוצעו בהליך חרום, שהצריך פטורים והתקשרויות בהליכים לא-תחרותיים. כמו-כן, הקרונות שהתקבלו היו בתצורה טכנית של קרונות ישנים שנרכשו בשנים 2006-2002, ופיצול ההזמנות עיכב את מועד האספקה ופגע בשירות לנוסעים.
הקמת מסילה רביעית לרכבת בציר האיילון, המנקז אליו את מרבית קווי הרכבת ונוצר בו "צוואר בקבוק", תאפשר להוסיף קווים ולהגביר תדירותם של קווים. למרות זאת, הליכי התכנון של הפרויקט, המוגדר כפרויקט תשתית לאומי, הושלמו רק ב-2018, אף על-פי שכבר ב-2002 הוחלט עליו ולמרות קביעת הממשלה ב-2010 שהתכנון יסתיים בתוך 16 חודשים. דחיית השלמת הקמת המסילה הרביעית לרבעון האחרון של שנת 2026 פוגעת באפשרות להגדיל את הקיבולת בציר ובאופן זה לשפר את השירות לנוסעים המגיעים לתחנות תל אביב הן מהפריפריה, בעיקר מהדרום, והן ממטרופולין תל אביב.
הרכבת רכשה מערכת איתות חדשה שתגביר את רמת בטיחות הרכבות, שתועלת הלוואי שלה היא האפשרות להגדיל את מספר הרכבות העוברות בציר האיילון. מועד הפעלת המערכת נדחה ביותר משנתיים, ממארס 2019 ליולי 2021.
מספר הנוסעים ברכבת עלה ב-22% בשנים 2017-2015, ומספר הרכבות היומיות עלה בשיעור דומה בשנים אלו (21%). מספר האיחורים של הרכבות (של יותר משש דקות) בשעות השיא עלה בשנים אלו ב-44% ומספר האיחורים בשעות השפל עלה ב-35%; מספר ביטולי הרכבות גדל ב-473%.
נוסעי הרכבת חווים זה עשור צפיפות גדולה בחלק מקווי הרכבת, בעיקר בימים א' וה', והיא צפויה להימשך גם בעתיד: שיעורי התפוסה ברכבות בקווים שיסיעו כמחצית מהנוסעים בשנים 2022-2019 צפויים להישאר גבוהים בשעות השיא בכל ימות השבוע, ולהגיע לערכים של עד 130%. שיעורי התפוסה הגבוהים בקווים אלו, שחלקם ארוכים, עלולים להביא לכך שנוסעים ייאלצו לעמוד בנסיעות ממושכות ולעיתים כלל לא יוכלו לעלות לרכבת, וכן לפגוע בבטיחות הנוסעים. חברת הרכבת העריכה, כי גם ב-2040 יהיה שיעור הצפיפות בשעות השיא גבוה בכשליש מקווי הרכבת המתוכננים.
מסלול חלק מקווי האוטובוס כולל גם תחנות עצירה בסמוך לתחנות רכבת, בעיקר עירוניות. אולם חלק מקווי האוטובוס הייעודיים לתחנות הרכבת (קווי הזנה) פועלים בתדירות נמוכה ורק בחלק במהלך היום ואין סינכרון מספק בין הרכבת לקווי האוטובוס.
מספר מקומות החנייה הקיים בפועל ליד התחנות קטן בשיעור ניכר מהמספר הנדרש על-פי סקר שנעשה עבור משרד התחבורה ב-2008 בעניין זה באפריל 2017 היו בקרבת התחנות בסך-הכל 19,400 מקומות חנייה, 72% ממספר החניות הדרוש לפי הסקר. מספר מקומות החנייה ליד תחנות רכבת גדולות - ברחובות, בבאר שבע מרכז, באשדוד עד-הלום ובעכו - קטן בשיעור ניכר מהמספר הנדרש. בדיקת מבקר המדינה מעלה, כי שביעות הרצון מאפשרות החנייה הייתה נמוכה ביותר בתחנות עירוניות - בת ים יוספטל, נהריה, לוד, רחובות, מרבית תחנות תל אביב (השלום, ההגנה והאוניברסיטה) - ובתחנות אזוריות: חדרה מערב, בנימינה, בית יהושע ובית שמש.
שפירא מסכם: "לטעויות בתחזית הביקוש, דחיית הגדלת מספר הרכבות במרכז הארץ והמחסור בציוד נייד, השפעה גדולה על רמת הצפיפות ברכבת, ובהתאם על טיב השירות הצפוי בשנים הקרובות. גם פעולות הרכבת, משרד התחבורה ומשרד האוצר להגדלת כמות הציוד הנייד בטווח זמנים קצר, לא ימנעו בשנים הקרובות פגיעה ניכרת בשירות, ובפרט צפיפות גדולה בקווים רבים בשעות השיא".