"נוכח הסיכון הקיים בשל הפרצות במכשול בגזרת עוטף ירושלים, על משרד הביטחון, המשטרה וצה"ל לוודא, כי הם מספקים את המענה הביטחוני המיטבי לצמצום הסיכון". כך אומר (יום ג', 28.5.19)
מבקר המדינה,
יוסף שפירא.
בנובמבר 2018 נותרו שתי פרצות לאורך תוואי המכשול בגזרת עוטף ירושלים. פרצות אלה מאפשרות כניסה של שוהים בלתי חוקיים מיהודה ושומרון לירושלים ובכך מסכנות את ביטחון תושבי ישראל. ב-7.2.19 חדר מחבל מחברון לירושלים דרך אחת הפרצות ורצח באכזריות ביער עין יעל את אורי אנסבכר ז"ל - מציין שפירא.
בין כוחות הסיור של חטיבת בנימין של צה"ל, כוחות הסיור של משמר הגבול של עוטף ירושלים ומשטרת ישראל קיימים פערי תקשורת הפוגעים בתיאום בין הכוחות וביעילות פעילותם - מגלה הדוח. המערכת הממוחשבת "רעו"ת" נועדה לשמש מערכת אחודה לבקרה ולרישום העוברים והשבים הישראלים, בעלי דרכונים זרים, וכן לפלשתינים העוברים במעברים. במועד סיום הביקורת חלפו יותר מ-12 שנים מאז התקבלה ההחלטה על פיתוח המערכת, ואף שהושקעו בפיתוחה 28 מיליון שקל, הפיתוח טרם הושלם, ואין מועד צפוי לסיומו.
בשנת 2005 החליט ראש הממשלה דאז,
אריאל שרון, לאשר את תוכנית המל"ל (המטה לביטחון לאומי) ולאזרח את מעברי עוטף ירושלים. מאז חלפו 13 שנים, ועד מועד סיום הביקורת לא אוזרח שום מעבר. במועד סיום הביקורת חלפו ארבע שנים מאז קבע ראש הממשלה,
בנימין נתניהו, כי יש לבחון לעומק את נושא האזרוח, אולם ההצעות שהכין המל"ל עדיין לא נדונו בקבינט הביטחוני וממילא לא הוכרעו. קיים מחסור מתמשך וניכר במאבטחים במעברי עוטף ירושלים, אשר פוגע בביטחון ובפעילות השוטפת במעברים. בשל מחסור זה, המאבטחים בעוטף ירושלים אינם משתתפים בימי ריענון הכשרה כנדרש בנוהל המשטרה, דבר הפוגע בכשירותם המבצעית.
עוד מצא שפירא, כי לא נקבעה מדיניות ממשלתית כוללת בדבר מעמדם האזרחי של תושבי מזרח ירושלים. שר הפנים,
אריה דרעי, לא קבע מדיניות כזו, ורשות האוכלוסין לא מיפתה את הסוגיות המרכזיות בנושא זה - למשל אלה שעלו בפסיקה - ולא ניתחה את משמעויות ההסדרים הקיימים ואת השלכתם על חיי התושבים. גם שר העבודה והרווחה,
חיים כץ, שממונה על ביצועו של חוק הביטוח הלאומי, לא יזם קביעת מדיניות כזו, וכך גם הנהלת המוסד לביטוח לאומי. באין מדיניות ממשלתית כוללת, מרכז הכובד של ההכרעה בסוגיות האמורות היה, הלכה למעשה, בידי המערכת השיפוטית; בחיי היום-יום אומנם יש נהלים אד-הוק, אך הם אינם תחליף למדיניות כוללת, סבור שפירא.
תושבי מזרח ירושלים נאלצו לפנות לערכאות שיפוטיות כדי לממש את זכויותיהם למעמד אזרחי וזכויות נוספות הנובעות ממעמד זה. מציאות זו פוגעת, לעיתים באופן קשה ביותר, באפשרות שנותנת המדינה לתושבי מזרח ירושלים למצות את זכויותיהם כתושבי קבע, וכמי שמשפחותיהם התגוררו בארץ שנים לפני שהוקמה מדינת ישראל.
תושבי מזרח ירושלים נדרשים להמתין כשנתיים וחצי עד למועד שבו יוכלו להגיש את בקשתם לקבל אזרחות ישראלית בלשכת האוכלוסין במזרח העיר. לדברי שפירא, זהו פרק זמן חריג בחומרתו ובלתי סביר לחלוטין. העיכוב החריג בטיפול בבקשות להתאזרחות הנמשך זה כמה שנים, ללא נקיטת פעולות משמעותיות על-ידי רשות האוכלוסין למציאת פתרון הבעיה, עלול להתפרש על-ידי תושבי מזרח ירושלים כמדיניות שנועדה להקשות עליהם לקבל מעמד של אזרח. הפערים בעניין זה משקפים כשל חמור בעבודתה בכל הנוגע להענקת שירותים בתחום המעמד לתושבי מזרח ירושלים ופוגעים באמון הציבור בה. מאז תחילת כהונתו של מנכ"ל הרשות הנוכחי, היא החלה לנקוט פעולות לשיפור הטיפול בבקשות אלו.
תושב מזרח ירושלים נדרש להמתין בתוך מתחם הלשכה שלוש עד ארבע שעות לצורך קבלת שירות בלשכה זו. פרק זמן זה אינו כולל זמן המתנה נוסף לצורך כניסה, למתחם הלשכה שעל-פי עתירה שהוגשה לבג"ץ, אורך יותר משעה. עוד נמצא, כי משך זמן ההמתנה לקבלת שירות בלשכת האוכלוסין במזרח ירושלים בבקשות למרשם ולדרכונים הוא ארוך במידה ניכרת (73 דקות בממוצע) בהשוואה לארבע הלשכות הגדולות (39 דקות בממוצע), אף על-פי שמשך הזמן הממוצע למתן השירות עצמו - דומה ומספר מקבלי השירות נמוך יותר מבין כל הלשכות האחרות. תנאי ההמתנה וזמני ההמתנה בלשכת האוכלוסין במזרח ירושלים בתקופת הביקורת קשים, ואינם הולמים תנאים לקבלת שירות מטעם מדינה המקפידה על זכויותיהם של תושביה ואזרחיה, קובע שפירא.
עוד אומר שפירא כי רשויות המדינה אינן מממשות את אחריותן בתחומי חינוך חינם והגנה על ילדים וחסרי ישע במזרח ירושלים. לימוד השפה העברית הוא בהיקף נמוך מהנדרש לתלמידים הלומדים לפי התוכנית הפלשתינית (92% מהתלמידים), ובפרט לאלה הלומדים בבתי הספר המוכרים שאינם רשמיים (40% מהתלמידים), שרבים מהם נאלצים ללמוד בבתי ספר אלה עקב מחסור בכיתות לימוד בבתי הספר הרשמיים. כך פוחתים סיכוייהם של התלמידים להשתלב בעתיד בשוק התעסוקה בכלל ובתעסוקה איכותית בפרט, וכן בלימודים גבוהים בישראל. הרשויות גם לא שיפרו די הצורך את ההיקף והנגישות של שירותי הרווחה לתושבים נזקקים ממזרח העיר, באופן שיינתנו ביחס הולם לניתן במערב העיר ולנוכח המצוקות החמורות במזרחה.