שלושה מנכ"לים של חברות ידועות במשק, אבי גבאי מבזק בינאלומי, אלדד בן-משה מאוניברקול נירלט, ודני טרגן מתמי 4, נשלחו (יום ג', 31.5.05) למעצר בית של חמישה ימים על-ידי חוקרי יחידת ההונאה במשטרת מחוז תל אביב החוקרת את פרשת "הסוס הטרויאני". למעצר בית שוחררו גם שתי סמנכ"ליות בבזק בינלאומי ובכיר באגף האבטחה של אמדוקס.
היום (יום ד') צפוים מנכ"לים נוספים, בהם בכירים בחברות שונות, להגיע לחקירה ולשם מתן עדות במשטרה.
בתום שלב הארכות המעצרים הראשונות עברו במשטרה לחקירת אנשי החברות. במהלך היום (יום ג', 31.5.05) התייצבו לחקירה מספר מנכ"לים ובכירים בחברות, החשודים בחלקם בשימוש בתוכנה לצורכי ריגול תעשייתי.
מנכ"ל תמי 4, דני טרגן, נחקר בחשד שהזמין מידע אודות מתחריו, חברת מי עדן. טרגן השיב במשך כשעה על מספר שאלות, עזב את המקום ושב להחקר. בסיום החקירה שוחרר כאמור למעצר בית.
בשעות הצהריים המאוחרות פשטו חוקרי מפלג ההונאה על משרדי חברת בזק בינלאומי (בפתח תקוה). שתי הסמנכליות לשיווק עוכבו לחקירה. הן נחקרו באזהרה, כחשודות, בחשד שפעלו להשגת מידע - באופן בלתי חוקי, באמצעות התוכנה האסורה, אודות עסקיה של חברת קווי זהב. הן נשלחו למעצר בית. לפנות ערב נחקר באזהרה גם מנכ"ל בזק בינלאומי, אבי גבאי. השלושה חשודים, כי רכשו מסמכים פנימיים של החברה המתחרה, קווי זהב.
במשטרה חושדים, כי חוקרים פרטיים הגיעו למסמכים באמצעות תוכנת "סוס טרויאני" שהתקינו במשרד הפרסום שלמור-אבנון-עמיחי, והציעו אותו למכירה לבזק בינלאומי. מנכ"ל החברה שוחרר כאמור למעצר בית לאחר חקירה בת כשעה.
גם מנכ"ל חברת הצבעים אוניברקול-נירלט, אלדד בן-משה, וסמנכ"ל הכספים של החברה נחקרו באזהרה, בחשד שקיבלו בדרך דומה מסמכים של המתחרה, טמבור. השניים נשלחו למעצר בית של חמישה ימים. עקב החשדות נערכו חיפושים במשרדי אוניברקול.
במהלך יום ג' נחקרו במשטרה גם נציגי חברת אמדוקס, החשודה במעורבות בפרשה, ובמעקב אחרי כתבת גלובס, שבאמדוקס ביקשו על-פי החשד לברר מיהם מקורתיה לפרסומים בגלובס מתוך דיונים סגורים בחברה. למשרדי החקירות הגיע איתן שירון, איש אבטחה בכיר בחברת אמדוקס, מהמשטרה נמסר כי תחילה זומן למסור עדות אולם במהלכה עדותו הפכה לחקירה באזהרה.
בנוסף התייצב לחקירה גם מנכ"ל הום סנטר, אהרון מידן. חברה זו חשודה שהשיגה מידע על המתחרה, אייס קנה ובנה.
חקירת אנשי חברת מאיר יבואנית וולבו, החשודים בריגול תעשייתי אחר המתחרה, חברת צ'מפיון מוטורס, נמשכת גם היא. החוקרים עימתו את בכירי החברה עם עדויות אחרות שהגיעו לידיהם.
אחר-הצהריים הודיעה המשטרה לחברת הצבעים טמבור, כי נבדק חשד שהוצא חומר רב על עסקי החברה מאחד ממשרדי הפרסום, שבהם הותקנה תוכנית הריגול. לפי החשד, החומר נרכש על-ידי חברה אחרת. החשד, לדברי גורם משטרתי, נופל על חברת אוניברקול.
במשטרה התייצב מנכ"ל דובק, אריה זייף, שמסר לחוקרים דיסק שקיבל לפני כמה חודשים בדואר. על-פי החשד, זה נועד לשתול אצלו את התוכנה המרגלת. זייף מסר לחוקרים גם את אחד ממחשביו.
למפלג ההונאה הגיע היום אחר הצהריים יחד עם מחשבו האישי גם אבי ששון, מנכ"ל "געשים מוצרי מים". לפני יומיים היו החוקרים במשרדו, וביקשו ממנו להגיע לתחנת המשטרה, כדי לבדוק אם גם הם נפלו קורבן לריגול המחשבים.
צוות חוקרים הגיע הבוקר גם למשרדי גסטטנר ציוד מחשבים ומכונות דפוס, שעל-פי החשד נפלו גם הם קורבן לריגול התעשייתי. החוקרים גם יצאו למל"ם מערכות ולחברת פרטנר, שם ימשיכו בחקירתם ויבדקו האם יש עוד "סוסים טרויאנים" במחשבים.
החוקרים הגיעו גם למשרדי חברת סטימצקי, שם על-פי החשד שתלו להם את התוכנה.
אל בית משפט השלום בתל אביב הובא היום גם חוקר בחברת מודיעין אזרחי, חן ניב בן 28, שנעצר אמש לראשונה בחשד כי הוא מעורב בפרשה. מעצרו הוארך בשלושה ימים.