לשכת התכנון המחוזית, מחוז חיפה של משרד הפנים, אישרה בניית גשר מעל מסילת הרכבת בנימינה דרום על-פי תוכנית ש/ד/1272. אישור לשכת התכנון ניתן לאחר תקופה ארוכה בה התעכב אישור בניית ההפרדה באזור בנימינה על-ידי הגורמים הסטאטוטוריים.

קודם לתחילת העבודות יושלם תהליך של תפיסת הקרקעות הנדרשות לביצוע העבודות. העבודות בשטח צפויות להסתיים תוך 14 חודשים מתחילת הביצוע כוללות תכנון הגשר ועבודות סלילת דרכים לגשר. עלות ההקמה הינה כ-34 מיליון ש"ח.

בשנת 2006 החליטו רכבת ישראל ומשרד התחבורה על סגירת 30 מפגשי מסילה-כביש, ובכלל זה המפגש בבנימינה שנחשב למעבר מסוכן במיוחד בשל תנועת הרכבות והרכבים הערה בסביבתו, וזאת עד שימצא פתרון של הפרדה המפלסית שיבטיח את בטיחות הנהגים והנוסעים ברכבת. כחלק מבחינה לקידום פתרונות להפרדה מפלסית בתחום הישוב בנימינה סוכם על בחינת חלופה לביצוע גשר מדרום לישוב. כל מהלך התכנון והכנת התב"ע קודם על-ידי רכבת ישראל.

על-מנת לצמצם את לוח הזמנים, ובמקביל לתהליך סטטוטורי, הושלם לפני מספר חודשים ההליך המיכרזי לבניית ההפרדה הדרומית וחברת לינום נבחרה כקבלן הזוכה לבצוע העבודות. הקבלן החל בתיאומי רשויות ובתכנון מפורט. ב-03/09/2006 אישרה רכבת ישראל את תחילת עבודות הכנה לביצוע הפרדה מפלסית בין מסילת הרכבת והכביש בדרום בנימינה לפי תוואי הגשר שאושר על-פי חוק.

לאור העיכובים באישור התב"ע ואי קבלת הרשאה לבניית הגשר מהוועדה המחוזית התעכבו תחילת העבודות בשטח.

ההפרדה המפלסית בבנימינה היא חלק מביצוע הפרדות מפלסיות בכל מפגשי כביש-מסילה ברחבי הארץ. בשנה האחרונה העמידה רכבת ישראל בראש סדר העדיפויות את נושא הבטיחות. היעד המרכזי בהקשר זה הינו הגברת רמת הבטיחות וצמצום הסיכונים במפגשי מסילת ברזל-דרך. הפתרון היסודי אותו רכבת ישראל מיישמת הינו תוכנית עבודה לביצוע הפרדות בין המסילה והכביש. בתוכנית מושקעים כ-1.3 מיליארד ש"ח והיא מלווה ומונחית ע"י ועדת היגוי בראשות מנכ"ל משרד התחבורה. בימים אלו מפורסמים עשרות מכרזים לביצוע של הפרדות מפלסיות, כך שבמהלך של כשנתיים וחצי יושלם מבצע רחב במסגרתו תושלם עד שנת 2009 בניה של עשרות הפרדות מפלסיות שיביאו להפחתה משמעותית של סיכונים במפגשי המסילה והכביש.

עפר לינצ'בסקי, מנכ"ל רכבת ישראל אמר: "מדובר בפרויקט בעל חשיבות בטיחותית ראשונה במעלה ואנו משקיעים בו משאבים כספיים וארגוניים אדירים. אני מברך על כך שמקץ תקופה ארוכה הסתיימו התהליכים הסטטוטורים וניתן יהיה להתחיל בקרוב בשלב הביצוע."