משפטם של בכירי תנועת האחים המוסלמים במצרים חושף את הקשר החשאי בין התנועה האם לבין שלוחתה בפלשתין - החמאס וזרוע הטרור שלה גדודי עיז א-דין אל-קסאם.
עיתון "אל-אהראם" פרסם ב-1 בספטמבר 2007 את עדותו של רס"ן עאטף אל-חוסייני, קצין מחקר במנגנון בטחון המדינה, השופכת אור על אופיה הטרוריסטי של תנועת האחים המוסלמים ועל האסטרטגיה הדומה לזו של החמאס שאימצה התנועה בדרכה לתפוס את השלטון במצרים ולהקים תחתיו שלטון איסלאמי. אל-חוסייני הציג בפני בית המשפט מספר מסמכים מפלילים שנתפסו בביתו של הסגן השני של המדריך הכללי של האחים המוסלמים המהנדס ח'רית אל-שאטר כמפורט להלן:
מסמך שכותרתו "כינוס מועצת השורא של החמאס" עוסק בקשר הארגוני בין האחים המוסלמים לבין החמאס ובהחלטתה להקים את הכוח הביצועי "ולהסתייע בפעילי ג'יהאד של הארגון מחוץ לפלשתין (קרי - האחים המוסלמים)... תחת פיקוח הגוף העליון המיוצג ע"י הנהגת האחים המוסלמים במצרים".
מסמך שכותרתו "מה אנו עושים?" עוסק באופן יישום "הג'יהאד באל-מאל" (גיוס כספים לג'יהאד) וב"ג'יהאד באל-נפס" (השתתפות בלחימת הג'יהאד עד הקרבת הנפש) ובסיוע לחמאס באמצעות הקמת חוליות של האחים המוסלמים ברפיח המצרית, בעמק הירדן ובדרום לבנון, וכן בהחדרת מוג'אהידין לפלשתין בתיאום עם החמאס.
מסמכים נוספים מלמדים על שיטות גיוס הכספים לג'יהאד באמצעות הקמת חברות כלכליות והלבנת הון בהקפים עצומים. גורמי הביטחון המצריים טוענים, כי היעד האסטרטגי של האחים המוסלמים נותר כשהיה והוא הכשרת הקרקע להפיכה שלטונית ולהקמת שלטון הלכה איסלאמי.
ד"ר מוחמד חביב, סגן המדריך הכללי של האחים המוסלמים, הזדרז בראיון ל"אל-חיאת" (02.09.2007) להכחיש את טענות גורמי הביטחון במצרים. לטענתו, האחים המוסלמים אינם עוסקים באימונים צבאיים או סמי צבאיים, הם מתנגדים לשיטות של הפיכה ושוללים שימוש בכוח ובאלימות במטרה לתפוס את השלטון.
נוכח הכבדת היד של שלטונות מצרים מנסה תנועת האחים המוסלמים לעמעם את יעדיה האסטרטגיים, את הזיקה הישירה בינה לבין הטרור האיסלאמי הבינלאומי וההזדהות עם יעדי אל-קאעידה בדבר מהפיכה איסלאמית עולמית. מנהיג האחים המוסלמים, מוחמד מהדי עאכף, אינו מסתיר את כוונותיו בדרשות השבועיות שהוא מפרסם והמיועדות לכל פעילי האחים המוסלמים ברחבי העולם. עאכף מסמן את ארה"ב והמערב כאויב הראשון במעלה של המוסלמים ומעניק צידוק הלכתי למאבק המזוין נגד הכוחות המערביים באפגניסטן, עירק, סומליה, פלשתין ובכל "שטח איסלאמי". הוא יצא לא אחת בקריאה לכל המוסלמים לסייע לג'יהאד בכל שדות המערכה ואף טען, כי אופי המערכה מחייב כיום את המוסלמים (אלה אשר אינם נמצאים באחת מזירות העימות) לא להסתפק ב"ג'יהאד באל-מאל" אלא ליטול חלק ב"ג'יהאד באל-נפס".
נאמן לשיטתו קרא עאכף לממשלות הערביות למלא את תפקידן ולשאת את דגל הג'יהאד ולהתנער מאסטרטגית השלום שהן אימצו. בתקופת מלחמת לבנון הביע עאכף תמיכה בלתי מסויגת בחיזבאללה והודיע על סיוע של האחים המוסלמים לחיזבאללה ועל נכונות התנועה לצייד ולשגר 10,000 מתנדבים לסיוע למאמץ המלחמתי נגד ישראל בדרום לבנון. הוא הדגיש, כי האחים המוסלמים נכונים להביא את פעיליהם לרמת המוכנות הנדרשת בג'יהאד.
תנועת האחים המוסלמים עוברת בשנים האחרונות שינוי הדרגתי באסטרטגית הפעולה שלה להפצת האיסלאם. אינתיפאדת אל-אקצה (מספטמבר 2000) ושרשרת פיגועי אל-קאעידה הציתו את רוח הקרב אצל הדור הצעיר, אשר תבע מהנהגת האחים המוסלמים למלא תפקיד פעיל יותר בתמיכה בג'יהאד של העם הפלשתיני.
פעילים של האחים המוסלמים הסתננו לרצועת עזה ואחדים מהם נהרגו בעימותים עם צה"ל ובפיגועי התאבדות. אגודות הסטודנטים הנשלטות בידי האחים המוסלמים ערכו הפגנות תמיכה בג'יהאד והצהירו על כוונתן להצטרף לשורות המוג'אהידין. הן ביטאו את רוח "המפקד", מוחמד מהדי עאכף, המבטא קו מיליטנטי ורואה הזדמנות היסטורית לנצל את ההפיכה הצבאית של החמאס כמודל לחיקוי במדינות ערביות נוספות. בכך מגולמת הסכנה של האחים המוסלמים. מתחת לחזות הכבשה והעיסוק בסיוע לנזקקים רוחשת הולכת ומוכשרת הקרקע להופעת הזאב הטרוריסטי המנצל את התשתית הפוליטית, הצבאית, הכלכלית והחברתית להשתלטות על המשטרים הדמוקרטיים לקראת ביטול הדמוקרטיה והקמת שלטון הלכה איסלאמי עריץ, פשיסטי וגזעני.