אחרי שעיצב את התנועה הלאומית הפלשתינית והקים את מסגרתה, ניהל המופתי מאבק עיקש נגד הבריטים והיהודים. למעשה, המאורעות שפרצו בפלשתינה המנדטורית באפריל 1936 נמשכו כשישה חודשים, וכתוצאה מהן הוקם גוף משותף שכלל את כל הפלגים במחנה הערבי - "הוועד הערבי העליון". ושוב זכה המופתי לתואר, נוסף על היותו המופתי של ירושלים ונשיאה של המועצה האיסלאמית - יו"ר הוועד הערבי העליון.
הוועד הערבי העליון הציב לעצמו את היעדים הבאים:
- הפסקת העלייה היהודית לארץ ישראל
- איסור מכירת קרקעות ליהודים
- הקמת ממשלה ערבית בראשותו של המופתי.
להשגת יעדים אלה פתח המופתי בשביתה שפגעה בראש ובראשונה בציבור הערבי. החוקרים שחקרו את הנושא תמימי דעים שגרמניה הנאצית היא זו שממנה את השביתה.
הערצה להיטלר ולנאציזם
סימני אהדה להיטלר ולנאציזם הלכו ורבו בין הערבים בפלשתינה ובעולם הערבי. שנאתו של היטלר ליהודים וחוקי נירנברג שהתקבלו בגרמניה הקסימו את הערבים. דגלים עם צלבי הקרס הונפו על בתי הערבים בירושלים, אך גם בקהיר ובדמשק ובמקומות נוספים. העיתונות הערבית בירושלים סיפקה מאות מאמרי תמיכה בהיטלר בשנאתו ליהודים. ארגון נוער פלשתיני בשם אלפֻתֻווָה (הצעירים) הוקם בהשראת ארגון הנוער ההיטלראי .(Hitlerjugend) גם בעירק ובמקומות אחרים הוקמו ארגונים ואף מפלגות פאשיסטיות. מי שעמד בראש תנועת הנוער הנאצית בפלשתינה הוא אחיינו של המופתי ג'מאל אלחוסייני. ספריו של הצורר הנאצי חולקו חינם ברחבי העולם הערבי. יש לציין כי בספר מיין-קאמפף שתורגם לערבית (כפאחי) לא הוזכרה העובדה שתורת הגזע הנאצית מעמידה את הערבים בדרגה נמוכה יותר.
המופתי מחסל את מתנגדיו
חלק נוסף מן הכספים שמימנו את השביתה הגיע מהווקף המוסלמי ומכספים שנועדו לאוכלוסייה הערבית הנזקקת. אך המופתי השתמש בכספים למטרותיו הפוליטיות, כלומר למימון השביתה. עובדה זו גרמה לסכסוכים רבים בין המנהיגים הפלשתינים. מתנגדיו של המופתי בציבור הערבי האשימו אותו בגזל כספי-הצדקה ובכך שהוא מנצל הדת לגיוס תומכים. המופתי שלא קיבל את הביקורת שנמתחה עליו, פתח במאבק חסר רחמים וחיסל את מאות מתנגדיו - חברי מועצה, ראשי עיריות, אנשי דת, וקציני משטרה ושוטרים ערבים. אחד ממתנגדיו הבולטים היה פח'ר אלנשאשיבי שהיה חבר במפלגת אלדפאע (ההגנה). אלנשאשיבי ניצל מהתנקשות בחייו בפלשתינה המנדטורית, ברח לסוריה מחשש לחייו, אך המופתי של ירושלים שנעלב ממנו רדף אותו עד לשם. המופתי אף פרסם מודעה בעיתונות הערבית שבה הוא מודיע על החלטה להוציא את נשאשיבי להורג בשם בית הדין של המהפכה הערבית בסוריה, שהעומד בראשה, עארף עבד אלראזק, היה אחד ממפקדי החוליות הערביות שהיו בפיקודו של המופתי.
בסופו של דבר נרצח פח'רי אלנשאשיבי ב-1941 בחוצות בגדד, ובאותו יום פרסם רדיו ברלין בשפה הערבית (שהמופתי עתיד לנהל כשיגיע לברלין) את הודעה הבאה: "אויבי המופתי לא יחמקו מעונשם".
המופתי מבוקש
בספטמבר 1937 נערך בסוריה כנס כלל-ערבי שיצא נגד הכוונות החלוקה של פלשתינה, בעקבות הצעתה של הוועדה המלכותית הבריטית בראשותו של הלורד פיל ביולי 1937 לחלק את הארץ לשתי מדינות. חאג' אמין אלחוסייני כמובן דחה את התוכנית ושוב הבעיר את השטח. פעולות הטרור של כנופיותיו גברו והגיעו לשיא חדש כשיאסין בחרי - ערבי מנצרת - רצח את הנציב האנגלי של מחוז הגליל לואיס אנדרויז. בחרי, שהודה כי פעל בהוראת המופתי, נשפט ונתלה. בעקבות רצח אנדרויז, פיזרו הבריטים את הוועד הערבי העליון והוציאו צו מעצר נגד המופתי. הוא ברח ללבנון ולסוריה, ובאוקטובר 1939 הגיע לעירק.
האיסלאם והיהדות
עוד לפני הגעתו לעירק, החלה להופיע משנת 1937 במזרח התיכון חוברת קטנה בערבית בשם "איסלאם ויהדות", שנכתבה על-ידי המופתי, אך לא כללה את שם מחברה. שנה מאוחר יותר פרסמו "האחים המוסלמים" בקהיר חוברת זהה שבה צויין כי החוברת נכתבה על-ידי איש דת וחכם גדול מפלשתינה. החוברת תורגמה לגרמנית ולקרואטית במהלך מלחמת העולם השנייה וחולקה לחיילי ה-SS הבוסניים המוסלמים - דיוויזיית אס. אס. ההררית ה-13 "חאנדיאר".
מדובר בספר אנטישמי ארסי אף יותר ממיין-קאמפף. הוא כולל מושגים הלכתיים, חדית'ים, שיטות ומסורות איסלאמיות אנטי-יהודיות מימי ראשית האיסלאם, שהביא המופתי כראיות לביסוס האנטישמיות שלו. בעניין זה גם כיום יש רבים ההולכים בעקבותיו, בעיקר "האחים המוסלמים", חמאס וכדומה. בין השאר מעניין לראות איך המופתי משתמש בסכסוכים של הנביא מוחמד עם היהודים כ"הוכחה" שהטבע הנצחי של היהודים הוא בוגדני, אורב וזומם נגד האיסלאם והמוסלמים. זהו אינו חיבור פוליטי מודרני ורק מעט נכתב בו על הקולוניאליזם ועל הציונות. מדובר בספר נגד היהודי שנכתב מנקודת ראות מוסלמית.
ויושב לו ראש הנחש במינהרה אי-שם ברפי...
