ב-2004 נחתם הסכם בין משרד הביטחון לחברה לתכנון, פיתוח, הקמה, הספקה, אחריות, תחזוקה, הדרכה והטמעה של מערכת מסוימת. עד למועד סיום הביקורת, בנובמבר 2011, תוקצבה המערכת במספר מיליארדי שקלים.
מבקר המדינה מצא, כי צה"ל לא פעל על-פי האמור בהוראות הקבע שלו לגיבוש תוכנית קליטה והטמעה של המערכת בד-בבד עם שלב הפיתוח שלה. הוא לא נערך מבעוד מועד להטמעתה, ופרסם תוכנית קליטה והטמעה שלה רק בינואר 2010, כשנה ומחצה לאחר שהתחילה ההטמעה ביחידות.
על-פי ההסכם שנחתם עם הספק, הטמעת המערכת ביחידה הראשונה הייתה אמורה להתבצע על-ידי מדריכים של הספק, ובד בבד היו אמורים סגלי הדרכה צה"ליים לקבל הכשרה להדרכת המערכת והטמעתה. סגלים אלו היו אמורים לקבל את האחריות לביצוע ההדרכה לשאר היחידות לאחר שהספק יסיים להטמיע את המערכת ביחידה הראשונה. התברר, כי גם אחרי שהסתיימה ההטמעה ביחידה הראשונה המשיך הספק בפעולות ההדרכה וההטמעה ביחידות נוספות במשך כשנתיים, בעלות של עשרות מיליוני שקלים, בלא שנחתם עימו הסכם מבעוד מועד ובלא שניתן מבעוד מועד פטור ממכרז, ובלי תקציב מאושר למטרה זו.
בדיקת סיכומי הדרכת המערכת ביחידות העלתה, כי לסיכומי ההדרכה של חלק ניכר מהיחידות שנבדקו לא צורפה רשימת המשתתפים. בחלק מהרשימות שצורפו לא פורטו ציוני המשתתפים. בתשע מתוך 25 הדרכות שבהן נמצאו ליקויים, לא נכחו בעלי תפקידים חיוניים, נוכחותם לא הייתה מלאה, או שלא עמדו במבחנים. מבדיקת סיכומי ההדרכה של 21 יחידות שעברו מגרסה אחת של המערכת לגירסה משופרת נמצא, כי ב-13 מהן הוסמכו פחות ממחצית בעלי התפקידים שנדרשת הסמכתם.
צה"ל החל לתכנן את המהלכים הנדרשים כדי לאפשר את שמירת כשירותם של משתמשי המערכת רק בתחילת שנת 2010, מועד שבו הושלמה הסבתן של מספר יחידות לשימוש במערכת, אף על-פי שהצורך בכך הוכר כבר בתחילת ביצועו של הפרויקט. במועד סיום הביקורת, בנובמבר 2011, עדיין לא הסתיימה עבודת המטה בנושא.
לדברי שפירא, מן הראוי שצה"ל יסיים את היערכותו בנושא, ובכלל זה יקבע מתכונת להמשך שיפור רמת הידע, לרבות תנאי סף ומדדים להצלחה, ויוציא אותה מהכוח אל הפועל. השלמת ההיערכות בתחום זה תאפשר למצות את מלוא הפוטנציאל של המערכת. כמו-כן, על צה"ל ומשרד הביטחון לבדוק מהם הנסיבות והגורמים שמנעו את ההיערכות לביצוע המשך הטמעת המערכת על-ידי סגלי הדרכה צה"ליים, ולהפיק מכך את הלקחים הנדרשים לעתיד לגבי פרויקטים אחרים.
