תוצאות מלחמת לבנון השנייה היו "החמצה גדולה וחמורה". כך קובעת ועדת וינוגרד ומפנה אצבע מאשימה: ישראל לא השיגה את יעדיה ונכשלה הן במישור המדיני והן במישור הצבאי, למרות שיצאה למלחמה יזומה.
הוועדה מדגישה, כי "מצאנו כשלים וליקויים חמורים", אך היא בחרה, לגישתה, להצביע על אחריות המערכות. יחד עם זאת הטעימה הוועדה, כי אין בכך משום קביעה שאותם אישים לא כשלו אישית. "ראוי להדגיש כי הימנעותנו מהטלת אחריות אישית, אין לפרש אותה כקביעה כי לא הייתה קיימת אחריות כזאת", נאמר בהודעה. ועוד: "אנו עומדים מאחורי הקביעות הנחרצות שהוצגו בדוח הביניים" [שהצביעו על כשלונם ואחריותם האישית של אולמרט, עמיר פרץ ודן חלוץ].
בדוח הכולל כותבת הוועדה, כי "ישנה הנחה כמעט טבעית כי במקום שנמצאים ליקויים משמעותיים - אף אם הם חלק ממערכות מורכבות שיש בהן גם ציוני זכות רבים - יש מקום גם לאחריות אישית". כותבת הוועדה" "אנחנו מקבלים הנחה זו. כשלים, ליקויים ותקלות אינם נעשים מעצמם. אנו סבורים כי אחריות, הכוללת הן נטילת אחריות של אדם למעשיו והן הטלת אחריות במקרים מתאימים, היא חלק ממערך נורמטיבי נכון".
הוועדה מסרה, כי נוסף לדוח הגלוי, נמסר לראש הממשלה ולשר הביטחון דוח סודי. מטעמים מדיניים וביטחוניים, חלק זה לא יפורסם לציבור. השופט (בדימ.) אליהו וינוגרד, שלצידו ישבו שאר חברי הוועדה: פרופ' רות גביזון, האלוף במילואים מנחם עינן, האלוף במילואים ד"ר חיים נדל ופרופ' יחזקאל דרור, אומר (יום ד', 30.1.08), כי דרך קבלת ההחלטה לצאת למלחמת לבנון השנייה והדרך שבה הוחלט לצאת למלחמה, ללא אסטרטגיה, היו כשלים חמורים. "היו כשלים וליקויים חמורים בתהליכי קבלת ההחלטות בדרג המדיני, הצבאי ובממשק ביניהם, כשלים בהיעדר חשיבה ובתכנון אסטרטגיים. לכשלים אלה תרמו הדרג המדיני והדרג הצבאי", אמר וינוגרד.
להלן הכשלים שבהם עוסק הדוח הסופי של ועדת וינוגרד:
- כשלים וליקויים חמורים בתהליכי קבלת ההחלטות ובעבודת המטה, הן בדרג המדיני, הן בדרג הצבאי והן בממשק ביניהם;
- כשלים וליקויים רציניים בדרג הפיקודי העליון בצה"ל, בעיקר בְּכוֹחוֹת היבשה, באיכות ההיערכות, המוכנות, ההתנהלות והביצוע של החלטות וּפְקודות;
- כשלים וליקויים חמורים, הן בדרג המדיני והן בדרג הצבאי, בהעדר חשיבה ותכנון אסטרטגיים;
- כשלים וליקויים חמורים בכל הנוגע להגנה על העורף וְלַהתמודדות עם הפגיעה בו.
"ישראל יצאה לְמלחמה ממושכת, שהיא עצמה יזמה, שהסתיימה מבלי שישראל ניצחה בה באופן ברור מבחינה צבאית. ארגון מעין-צבאי, בן אלפי לוחמים, עמד, במהלך מספר שָבועות, בפני הצבא החזק ביותר במזרח התיכון, אשר נהנה מעליונות אווירית מוחלטת ומיתרונות בְּגודל וּבְטֶכנולוגיה. ירי הרקטות של חיזבאללה על העורף הישראלי נמשך במהלך כל המלחמה, וצה"ל לא סיפק לו מענה אפקטיבי. מרקם החיים בַּאֵזור שהיה תחת איום הרקטות, שׁוּבַּש באופן רציני, ותושבים רבים עזבו-זמנית את בתיהם או ישבו במקלטים. לאחר תקופה ארוכה של הסתפקות באש מנגד וּבִּפְעוּלוֹת קרקעיות מוגבלות, סמוך מאוד לקבלת ההחלטה על הפסקת האש - ישראל יצאה למהלך קרקעי רחב שלא מימש שום הישגים צבאיים ולא מיצה את הפוטנציאל שלו, כפי שפרטנו בדוח עצמו. לתוצאות אלה היו השלכות מרחיקות-לכת בעינינו, ואף בעיני אויבינו, שכנינו וידידינו באזור ובעולם", לשון הודעת השופט וינוגרד.
לדבריו, גם בימי הלחימה שלאחר מכן, נמשך הדישדוש בדרג המדיני ובדרג הצבאי ביחס לאופן ניהול הלחימה. "ישראל לא עשתה שימוש מושכל בכוחה הצבאי למרות שזו היתה מלחמה יזומה בזירה מוגבלת", הדגיש.
המהלך הקרקעי - הכרחי אך ללא דיון רציני ביחס למהלך הקרקעי של 60 השעות האחרונות של המלחמה קובעת ועדת וינוגרד, כי לא היה כשל בהחלטה לצאת למהלך, למרות הישגיו המוגבלים, ולמרות המחיר הכבד שלו [33 חיילים שנהרגו א.ו.]. "ההחלטה העקרונית של הקבינט שאישרה את היציאה למהלך קרקעי היתה החלטה כמעט הכרחית. היא הקנתה לממשלת ישראל גמישות נחוצה", נכתב בדוח.
יחד עם זאת קובע הדוח: "בדיעבד לא השיג המהלך הקרקעי את מטרותיו, לא ברור מה היתה תרומתו להאצת ההישג המדיני ושיפורו ולא ברור כיצד השפיעה התנעת המהלך הקרקעי על ממשלת לבנון ועל חיזבאללה. גם אופן ניהול המהלך הקרקעי מעורר שאלות קשות, אך הערכת ההחלטות אינה יכולה להישען על חוכמה שלאחר מעשה ועל תוצאותיה של ההחלטה", הדגישה הוועדה בדוח.
הדוח קובע, כי הקביעה למבצע בן 60 שעות לא נעשתה כדבעי, ולא היה ברור, מלכתחילה, האם יש סיכוי להשיג את היעדים בפרק זמן זה.
עם זאת ציין כי חברי הוועדה לא מצאו התייחסות רצינית בדיוני הדרג המדיני, הדרג הצבאי, או בממשק ביניהם, לשאלה אם היה סביר לצפות כי במסגרת 60 שעות יושגו הישגים, שתהיה להם משמעות כלשהי על אחד מיעדי המהלך הקרקעי; לא מצאו מעקב מספיק של הדרג המדיני על פרטי הלחימה, ולא ראינו דיון מושכל בצה"ל או בדרג המדיני בשאלה של עצירת המהלך הצבאי, אחרי שהתקבלה ההחלטה במועצת הביטחון ולא מצאו הסבר למתח שהיה בין המאמץ הגדול לקבל תוספת זמן להשלמת השלב הראשון של המהלך הקרקעי המתוכנן, לבין ההחלטות שנתקבלו שלא למצות את המהלך הזה.
"גם אלו הן שאלות נוקבות, שמבחנן הוא מבחן ציבורי ופוליטי", הדגיש.
אי הטלת אחריות אישית אינה קובעת שאין אחריות כזו יש לציין כי בפתח דבריו הדגיש השופט וינוגרד כי הימנעות הוועדה מהטלת אחריות אישית על כשלונות המלחמה אינה נובעת מן העובדה שאין כשלונות שכאלה.
"הימנעותנו מהטלת אחריות אישית אינה קביעה שלא היתה אחריות כזאת", אמר, "לא עשינו אבחנה בין אחריות של הדרג המדיני והדרג הצבאי. כאשר היטלנו אחריות על דרג כזה או אחר לא היה בכוונתנו להצביע רק על אותו דרג", הדגיש.
"ההמלצות של הוועדה כוללות שינוי שיטתי ועמוק בדרג המדיני ובדרג הצבאי ובממשק ביניהם", ציין השופט וינוגרד.
נתניהו היה חייב להתפטר דקה אחת לפני הרצי הלוי ורונן בר 
