רק משרד התמ"ת משתווה ברמת התלונות המוצדקות הגבוה לזה של משרד התחבורה. אולם ניתוח הנתונים שמפרסם משרד התחבורה בדוח תלונות הציבור לשנים 2011-2010 מעלה את האפשרות כי מספר התלונות המוצדקות גבוה בהרבה.

ככלל, מסווגות תלונות ציבור הנשלחות למשרדים ממשלתיים כמוצדקות או כלא-מוצדקות. אחוז קטן מהתלונות מסווגות ככאלה שלא התקבלה לגביהן עמדה, אולם באגפים רבים במשרד התחבורה, בחרו להטות את הסטטיסטיקה וכדי להפחית את אחוז התלונות המוצדקות נגדם סיווגו אותן ככאלה שלא התקבלה לגביהם עמדה. בחלק מן האגפים סווגו כמעט 100% מהתלונות ככאלה! האגפים קיבלו על כך הערה מהביקורת הפנימית של משרד התחבורה אך לא ננקט נגדם הליך משמעתי כלשהו.

גם לאחר הטיית הנתונים, מתברר כי אשתקד חל זינוק של כ-18% במספר התלונות המוצדקות נגד משרד התחבורה [הנתונים המלאים בדוח המצורף לידיעה זו]. מבקרת המשרד, אורית קרופ, ציינה כי לרשות המשרד לא עומדות כתובות דואר אלקטרוני ייעודיות או טפסים מקוונים להגשת תלונות וקראה לשינוי מדיניות בעניין.

דוח הביקורת אמור היה להתפרסם בשנה שעברה, אך עוכב. במשרד התחבורה הבטיחו שיפורסם בתחילת 2012, אך הפרסום נעשה רק כעת. קרופ מאשימה בכך את ההפחתה שביצע משרד התחבורה במספר תקני כוח האדם באגף הביקורת ותלונות הציבור. לדבריה, ביטולם בשנת 2010 של שני תקני ביקורת יצר עומס כבד על העובדים באגף.

חלק לא מבוטל מהתלונות בחר האגף להסיר מעצמו ולבזר לאגפים הייעודיים במשרד מתוך הנחה שבהתערבות במקרים אלה אין ערך מוסף. עם זאת, לא ביצע מעקב כדי לוודא שהטיפול בתלונות אכן מתבצע כנדרש.

אגף הביקורת מציע להפחית את הקנס המוטל על נוסעי הרכבת הקלה העומד כיום על 180 שקלים, פי 27 ממחיר הנסיעה, וקובע כי הוא בלתי מידתי. הצעת חוק להפחית את הקנס ל-100 שקלים, שהגיש ח"כ אורי מקלב, זכתה אומנם לתמיכה פומבית מצד שר התחבורה ישראל כ"ץ, אך נפלה בגלל התנגדות משרד האוצר. בהמשך התברר כי גם משרד התחבורה פעל לסיכול ההפחתה בקנס.

בתגובה לתלונות נוסעים על צפיפות באוטובוסים ועל אי-איסוף נוסעים בתחנות בשל כך, העדיף אגף הביקורת לעמוד ולצפות מן הצד מבלי לנקוט עמדה.

מהנתונים שהועברו על-ידי מחלקת תביעות עולה, כי בשנת 2010 טופלו במחלקת תביעות 1,181 תיקים בעקבות תלונות מהציבור, ובשנת 2011 טופלו 1,286 תיקים. כ-84% מהתיקים נסגרו בשל חוסר ראיות, בכ-14% מהתיקים הוגש כתב אישום אבל רק פחות מחצי אחוז מהתיקים הסתיימו בפסק דין, לרוב כזה שאינו מפצה את המתלוננים כראוי ובעיקר מעשיר את קופת המדינה.

חרף החלטות מנכ"ל וחרף דוחות קודמים שהצביעו על הליקויים הרבים, עניינים רבים לא טופלו כראוי, ואגף הביקורת לא מצא לנכון להמליץ לנקוט סנקציות משמעתיות כלשהן נגד האחראים לכשלים. כך למשל, מתכנני הפעימה השנייה של התחבורה הציבורית בגוש-דן שספגה ביקורת רבה מהציבור ממשיכים עד היום בתפקידיהם, ועד היום אפילו לא הוציאו כמובטח דוח שיפרט את השגי הרפורמה. מנכ"ל משרד התחבורה, עוזי יצחקי, אמר כי בכוונתו לבחון את ממצאי הדוח ולפעול לתיקון הליקויים.