מבקר המדינה,
יוסף שפירא, רואה בחומרה את העובדה ש
משרד התחבורה טרם השלים את יישומה של החלטת הממשלה, לקבוע קווים מנחים וסמכויות בנוגע לפיקוח על הרכבת באמצעות שינויי חקיקה - לרבות בתחומי הבטיחות, ההפעלה והניהול - אף שעברו 13 שנים מאז התקבלה ההחלטה, ואף שמשרדו העיר על ליקוי מהותי זה למשרד התחבורה כמה פעמים, לראשונה בשנת 2003 ולאחרונה בשנת 2014.
שפירא אומר (יום ד', 28.10.15), כי אגף רכבות במשרד התחבורה העביר לחברת הרכבת הנחיות בנוגע לתחזוקה ולכשירות הטכנית של הציוד הנייד. הרכבת הסתייגה מחלק מההנחיות, ובינה ובין משרד התחבורה התגלעו בעניין זה חילוקי דעות קשים. כמו-כן, בהסכם הבטיחות לא נקבעו לוחות זמנים ליישום הפעילויות האמורות, דבר המקשה לבצע מעקב אחר היישום.
הרכבת החליטה למסור תחזוקת ציוד נייד למיקור-חוץ של חברת אלסטום. בתום שנה להפעלת מיקור-החוץ התברר, כי מספר התקלות בקרונועים גדל בשיעור ניכר לעומת השנים הקודמות; מספר הקרונועים הפעילים היה נמוך מהמתוכנן; מספר הביטולים של נסיעות רכבות עקב תקלות גדל; וההפעלה הסדירה של הקו בין בית שמש לירושלים, המופעל רק באמצעות הקרונועים, נפגעה.
בפרק נפרד קובע שפירא, כי במשך שנים רבות הובלת המטענים ברכבת לא קיבלה עדיפות גבוהה בפעולות הרכבת ומשרד התחבורה: תוכניות לקידום הנושא לא קודמו, התקציבים שהופנו היו קטנים מאוד, איכות השירות ללקוחות הייתה נמוכה, תפעול ההובלה לא היה יעיל ולקוחות הרכבת היו מעטים ביחס לכלל משתמשי הובלת המטענים.
כמו-כן, שיתוף הפעולה והתיאום בין הרכבת ובין גופים ממשלתיים, בהם חברות הנמלים, חברת נמלי ישראל ומשרד הפנים, לא היו משביעי רצון. נוסף על כך לא נעשתה עבודת מטה מקיפה דיה בנוגע להשלכות הקמת חברת-הבת והפרטתה העתידית, אשר עלולות לתת לחברה פרטית עדיפות בשימוש במסילות הרכבת ולפגוע בתחרות.
לדברי המבקר, על משרד התחבורה, כאחראי לצמצום הגודש בכבישים ולשיפור הבטיחות בדרכים, לקדם את הובלת מטענים ברכבת, בשיתוף הרכבת, משרד האוצר, משרד הפנים, המשרד להגנת הסביבה, חברת נמלי ישראל וחברות הנמלים ולהגיע לפתרונות מערכתיים רחבי היקף לטווח ארוך.