ראש הממשלה בנימין נתניהו הביע צער על החלטתו של משה יעלון להתפטר מן הממשלה ומן הכנסת. "אני חושב שהוא היה צריך להמשיך להיות שותף מלא בהנהגת המדינה בתפקיד שר החוץ", אמר.

נתניהו עקץ את יעלון ואמר כי השינוי בחלוקת התיקים לא נבע ממשבר אמון בינו ליעלון. "הוא נבע מן הצורך להרחיב את הממשלה, וזאת כדי להביא יציבות למדינת ישראל מול אתגרים גדולים שלפניה. אני מניח שאם בוגי יעלון לא היה מתבקש לעזוב את משרד הביטחון ולעבור למשרד החוץ, לא היה מתפתח מה שהוא קורא 'משבר האמון ביננו' - והוא לא היה מתפטר".

בהתייחסו לרמז של יעלון כי על הצבא לרסן את הדרג המדיני, ביקש ראש הממשלה להבהיר: "צה"ל הוא צבא מוסרי. הוא שומר והוא ימשיך לשמור על ערכי המוסר הגבוהים ביותר - ובראשם טוהר הנשק. אין ולא תהיה על כך שום מחלוקת. צה"ל הוא גם צבא העם, ואני איתן בדעתי שצריך להמשיך לשמור את צה"ל מחוץ לפוליטיקה. הניסיון להכניס את צה"ל ומפקדיו לוויכוח פוליטי הוא פסול, הוא מסוכן לדמוקרטיה. בדמוקרטיה הדרג הצבאי כפוף לדרג המדיני - ולא להפך".

על המתקפה נגד הליכוד השיב נתניהו: "הליכוד מאמין בדמוקרטיה. הליכוד הוא תנועה לאומית ליברלית, תנועה שמחויבת לשמור על ישראל כמדינה יהודית ודמוקרטית. הליכוד מבטא את הזרם המרכזי בעם, וככזה הוא מחויב לביטחון המדינה ולחתירה לשלום. פניה של הממשלה לשלום. יש הזדמנויות בתחום המדיני, בייחוד בגלל התפתחויות מסוימות באזור שאני אישית שוקד עליהן ללא הרף. לכן עשיתי מאמץ גדול לצרף את המחנה הציוני לממשלה. ועל כן אני משאיר באופן הרציני ביותר את הדלת פתוחה להצטרפות זאת, הצטרפות שתעשה רק טוב למדינת ישראל".

נתניהו הודה ליעלון על שנות שירותו בצה"ל ובמערכת הביטחון.
"אני מעריך מאוד את שיתוף הפעולה בינינו, לילות כימים, למען ביטחון ישראל - כולל במבצע צוק איתן", דברי ראש הממשלה.