פתיחת הקו המהיר של הרכבת לירושלים, שנקבעה ל-23 לספטמבר, עשויה להתעכב כתוצאה מהכרזת סכסוך עבודה של ועד עובדי הרכבת. בתחילת השבוע הבא צפוי להתחיל קורס מדריכי נהגי קטר, ולפי לוח הזמנים של הפרויקט, כל דחייה של מעל שבוע בתחילת הקורס תיצור עיכוב בפרויקט כולו.

לפי הערכות פנימיות ברכבת, הסכסוך שפרץ עם העובדים הוא אחד מ-3 גורמי סיכון שעלולים לגרום לעיכובים בתאריך היעד שנקבע להפעלת הקו. שני גורמים נוספים הם עבודות החשמול של הקו שעדיין לא הסתיימו במקטע שבין משמר איילון לתל אביב ובדיקות הבטיחות הבלתי תלויות של מכון התקנים הגרמני TUV-SUD - שלרכבת אין אפשרות לדעת כמה זמן יעבור עד לקבלת כל האישורים הנדרשים במסגרתן.

בשלב ראשון להפעלת הקו תופעל רכבת אחת לשעה, ובהדרגה צפויה תדירות הרכבות לעלות עד להפעלה מלאה של 4 רכבות, ואולם בשל מגבלות קיבולת של תחנת ההגנה, לא ניתן יהיה להפעיל יותר משתי רכבות בשעה. משום כך הרכבת לא תוכל להגיע לתדירות של 4 רכבות לשעה עד שיושלם חשמול מסילת הרכבת עד תחנת סבידור, שעשוי לקחת עוד מספר חודשים.

למרות שהנסיעה ברכבת בתקופת ההרצה תהיה בחינם לתושבי ירושלים, הרכבת מתכוונת לאפשר בשלב ראשון רק למי שירשם באינטרנט לקבל כרטיסים לנסיעה ברכבת, זאת על-רקע החשש מהצפת נוסעים.

פרויקט הקו המהיר היה אמור להיפתח ערב פסח, אך מספר שבועות לפני מועד הפתיחה הודיעה הרכבת כי היא דוחה את התאריך בחצי שנה, מאחר ש"טרם התקבלו כל האישורים הרגולטוריים הדרושים להפעלת הקו", זאת על-רקע דרישות המשטרה וגופי ההצלה השונים. ואולם מתברר כי כפי שנחשף ב"גלובס", גם העבודות ההנדסיות להשלמת הקו היו רחוקות מאוד מסיום.