מקומו המדויק של בית המקדש ברחבת הר הבית היה עד כה בגדר השערה. מחקרו של פרופ' יוסף פטריך מהמכון לארכיאולוגיה של האוניברסיטה העברית מעלה ממצאים המצביעים על מקומו המדויק של בית המקדש על הר הבית. לפי המחקר, בור מים אדיר מידות המצוי מתחת לרחבה העליונה של הר הבית, סמוך לפינה הדרום מזרחית שלה, מצביע על המקום המדויק של המזבח והמקדש.
על-פי ממצאי המחקר, הסלע שמעליו נבנתה כיפת הסלע במאה השביעית לספירה נמצא מחוץ לתחום של בית המקדש. הסלע נחשב בעיני היהודים כמקום שבו התרחשה עקידת יצחק, אך זו מסורת מאוחרת. בעיני המוסלמים הוא נחשב כנקודה שממנה עלה מוחמד השמימה.
פרופ' יוסף פטריך מבסס את ממצאיו על סקר שנערך בשנת 1866 על-ידי המהנדס הבריטי סר צ'רלס וילסון מהקרן הבריטית לחקירת ארץ ישראל, שבמהלכו מופו כל בורות המים שבמתחם המוסלמי (חראם אל-שריף), בכללם הבור הנידון - בור מס' 5. לדבריו, "עד כה איש לא נתן את הדעת לכך שמיקום הבור על הר הבית וצורתו המיוחדת נגזרו על-פי מקומם וצורתם של המזבח והמקדש".
"מדובר בבור בעומק 15 מטרים שחציבתו משובחת וצורתו מעוצבת בצורה יוצאת דופן, כמסדרון ברוחב 4.5 מטרים ובאורך 54 מטרים שזרועות קצרות יותר מסתעפות משני קצותיו, לדרום ולצפון", מסביר פרופ' פטריך.
בחינת המיקום והצורה המיוחדת של הבור ועיון בתיאורים שבמשנה, הביאו את פרופ' פטריך למסקנה כי הבור המדובר הוא בור המים שממנו נשאבו מדי יום ביומו מים לכיור של המקדש, במהלך טקס הפולחן היומי שהתקיים לפני עלות השחר. במהלך טקס זה הכהנים המשרתים בקודש נדרשו לרחוץ את ידיהם ורגליהם במי הכיור, לפני עלותם על המזבח. מים מן היום הקודם, שנותרו בכיור במשך הלילה, היו פסולים לתכלית זו. מדי יום נדרשו אפוא מים טריים מן הבור לשם קיומו הסדיר של הפולחן. לדברי המשנה, מים אלה נשאבו באמצעות גלגל מים בעל תמסורת מכנית משוכללת. ניכר בצורתו של הבור שניתן היה להפעיל מעליו גלגלי מים.
לדברי פרופ' פטריך, על בסיס עדויות אלו ניתן למקם במדויק את כיור הרחצה שבו השתמשו הכהנים בטקס הפולחן היומי, ואת כבש המזבח שנמצא בסמוך. המיקום המדויק של אלה ביחס לבור המים הנדון מאפשר, לראשונה, למקם במדויק גם את בית המקדש עצמו על שעריו ולשכותיו, בהתאמה עם האמור במשנה. המסקנה העולה מן המחקר היא שהמקדש ניצב מזרחה יותר ביחס למיקום שהיה רווח עד כה, ובזווית הנטויה מעט דרומה ולא בניצב לכותל המזרחי של הר הבית, שהיא הדעה הרווחת כיום. מיקום זה מותיר את הסלע המוסלמי מחוץ למתחם של בית המקדש (ראו השרטוטים המצורפים).
מסקנות המחקר מאפשרות גם להכריע בסתירה הקיימת בין נוסח המשנה (מידות ה, ג-ד), לנוסח הבבלי (יומא, יט ע"א), בשאלת הלשכות שבדרום ובצפון. המחקר מלמד שנוסח המשנה הוא הנוסח הנכון, בניגוד לדעתם של פרשנים רבים, ובראש ובראשונה הרמב"ם. בעקבות זאת ניתן להציע תוכנית מתוקנת יותר לעזרה - היא החצר שהקיפה את המקדש - על שעריה ולשכותיה. גם בסוגייה זו התלבטו פרשנים וחוקרים רבים.
פרופ' פטריך מדגיש כי מחקרו בסוגייה של מקום המקדש על הר הבית הוא עיוני בלבד, ואין לייחס לו כל קונוטציות פוליטיות.
על-אף שמדובר במתחם בעל ערך היסטורי ואדריכלי רב, המתחם נמצא מזה שנים במצב של הזנחה מבישה
