בפגישה עם המועצה היהודית הבינלאומית, התעלם (יום ה', 20.10.08) האפיפיור בנדיקטוס ה-12 מסוגיית הקדושה של פיוס ה-12. לאחר הפגישה, כאשר דיבר עם מנהיג המשלחת היהודית, הרב דוד רוזן, אמר האפיפיור לאחד מחברי המשלחת ביקש ממנו שלא לקדש את פיוס ה-12: "אני שוקל את הנושא ברצינות רבה ביותר", אולם לא התייחס לסוגייה בדיונים הרשמיים. לאחרונה, דחה הוותיקן בקשות מאת קבוצות יהודיות לפתוח מיידית את הארכיון הסודי מימי פיוס. דובר הוותיקן, הכומר פדריקו לומברדי, אמר כי הבקשות "מובנות" אולם הוסיף ביום חמישי כי יידרשו 7-6 שנים כדי לקטלג את 16 מיליון המסמכים.

על-פי טענת הוותיקן, ניתן לצפות במסמכים רק עד התקופה המסתיימת בתחילת כהונתו של פיוס ה-12, כלומר עד זמן כהונתו של פיוס ה-11 שסיים לכהן ב-1939, ומספר חודשים לפני פרוץ המלחמה. פיוס ה-12 היה מזכיר המדינה של קודמו, ונודע כקרדינל יוג'ינו פצ'לי. אקדמאים אחדים טוענים כי המסמכים מן התקופה בה עלו הנאציזם והפשיזם לשלטון מצביעים על פיוס ה-12 כמנהיג לא החלטי.

בזמן הפגישה בין האפיפיור לבין המנהיגים, קרא בנדיקטוס ל"דיאלוג כן" ותיאר כ"אבן דרך" את החלטת הכנסייה לגנות כל גילוי של אנטישמיות. רוזן אמר לו שהיהודים אסירי תודה על כל מה שהכנסייה עושה על-מנת להילחם באנטישמיות והודה לנוצרים אשר הצילו יהודים בזמן השואה, אולם נושא המחלוקת בעניין הפיכתו למקודש לא עלה בשיחתם.

בחודשים האחרונים, לקראת חגיגות ה-50 למותו של פיוס 12, הביעו מנהיגים יהודים את הדעה כי פיוס לא עשה די להצלת יהודים בזמן השואה, וכי אימץ את מדיניות השתיקה לגבי רצח היהודים. בנדיקטוס, לעומת זאת, תיאר את המנהיג לשעבר כאפיפיור גדול אשר לא חסך באמצעים על-מנת לנסות להציל יהודים.

מוקדם יותר החודש, הפציר נשיא המדינה שמעון פרס בוותיקן לא לתת למחלוקת בדבר פיוס למנוע מבנדיקטוס מלבקר בישראל, זאת למרות כתובת המופיעה על גבי תמונה שתלויה ביד ושם ובה נכתב כי האפיפיור לא פעל להצלת יהודים מרצח בידי הנאצים.