חברי כנסת רבים מן השמאל מחו על החלטת שר הביטחון, אהוד ברק, לאשר הפיכת מכללת יהודה ושומרון לאוניברסיטה מוכרת.
לדברי יו"ר מר"צ, ח"כ חיים אורון, מדובר בפשיטת רגל רעיונית ומוסרית של ברק. "גם חדי ראייה ודקי אבחנה מתקשים זה מכבר לאתר הבדלים רעיוניים ולו גם ניואנסים זעירים בין ברק ונתניהו. החלטת ברק רק תאיץ מגמות של בידוד ישראל, והעולם האקדמאי שלה בקהילייה הבינלאומית", אמר.
יו"ר סיעת בל"ד, ח"כ ג'מאל זחאלקה, אף כינה את החלטת השר ברק "החלטה עבריינית". "החלטת ברק היא החלטה עבריינית כנגד החוק הבינלאומי. מכללת אריאל היא התנחלות לכל דבר ועצם קיומה לא לגיטימי. זה סיפוח זוחל של שטחים מהגדה המערבית ותקיעת מסמר נוסף בארון ההסדר המדיני שמדברים בזכותו ופועלים נגדו", ציין.
ח"כ יולי תמיר, מן האופוזיציה הפנימית של ברק במפלגת העבודה, העירה כי "זו כבר פעם שנייה השבוע שבה מסתבר שאהוד ברק מתאים להצטרף לשורות ישראל ביתנו כשהוא שם את האינטרס הפוליטי הצר שלו על פני אינטרסים חינוכיים ממלכתיים".