חיל הים הישראלי פשט הלילה על הספינות המשתתפות במשט לעזה, לאחר שהזהיר את יושביהן כי הם ייעצרו אם ינסו להיכנס לעזה שהיא שטח במצור. בספינות נוצרה בהלה גדולה. מדיווחים שטרם אומתו של סוכנויות הידיעות, ובהם רשת אל ג'זירה, עולה כי עשרות מאנשי המשט נפגעו, כ-50 נפצעו וכ-16 נהרגו.
אל בתי החולים תל השומר ורמב"ם בחיפה פונו באמצעות מסוקים שישה חיילים, שניים מהם במצב בינוני.
בפעולה שהתבצעה תקפה במים בינלאומיים - 65 ק"מ מעזה - לפי הדיווחים, השתתפו מאות מחיילי צה"ל. הטלוויזיה באנקרה דיווחה, כי אנשי קומנדו ישראלי השתלשלו ממסוקים לספינות, וכן עלו מסירות גומי. אנשי הקומנדו נתקלו בהתנגדות עזה מצד אנשי הספינות. אלה השתמשו במוטות ברזל ובסכינים בניסיונות לבלום את עליית הלוחמים לספינות ואת מעצרם.
כאשר נפגעו לוחם או יותר מדקירות ניתן האות לתגובה נחרצת. החיילים עצרו את משתתפי המשט בסביבות השעה ארבע בבוקר. במהומות שנוצרו נפגעו כאמור עשרות, דבר שיצר זעזוע בקרב אנשי הספינות.
שלוש ספינות של צה"ל פנו מוקדם יותר כמה פעמים לספינת האם בדרישה לסטות מן המסלול. הדובר הזהיר את רב-החובל כי אם לא יסיג את המשט הנע לעבר אזור צבאי סגור יראה עצמו רשאי לפעול בכל האמצעים למניעת הגעת הספינות לרבות עלייה על הספינות. כן הוצע להעביר את הסחורה באופן יבשתי לרצועה דרך חוף אשדוד.
כתב אל ג'זירה, עותמן אל בתירי, אמר כי לא ציפו להיתקל בצבא הישראלי כבר בלילה במים הבינלאומיים. הוא סיפר כי ניתן היה לראות מרחוק את ספינות חיל הים. חיל הים ביקש מהקברניט להזדהות ולומר לאן מועדות פני הספינה.
נראה שהשידורים החיים מן הספינה באמצעות הלווין משובשים לסירוגין באמצעות מתקנים שמפעיל צה"ל. מול קונסוליית ישראל באנקרה מפגינים טורקים רבים במחאה על מדיניות ישראל.
שר החוץ
אביגדור ליברמן קיים בלילה הערכת מצב במשרד החוץ עם כל הגורמים הרלוונטיים, בנוגע למשט בעזה. השר ליברמן אמר בישיבה כי לו היו מארגני ומשתתפי המשט דואגים באמת לזכויות אדם הם היו דורשים משלטונות החמאס לאפשר לנציגי הצלב האדום לבקר את החייל החטוף גלעד שליט.
לדברי ליברמן, העובדה שמארגני המשט לא טרחו לבקש זאת והעובדה כי הם מתעלמים מכך שישראל מאפשרת את הכנסת כל הציוד הדרוש לעזה ואין שם משבר הומניטארי מעידה כי כל מטרת המשט היא פרובוקציה נגד ישראל וכי תושבי עזה כלל אינם מעניינים את מארגני המשט.
