פרשת הולילנד נחשפה ביולי 2008 ב-News1 על-ידי העיתונאי יואב יצחק. המשטרה פתחה אז בחקירה סמויה, שהבשילה לחקירה גלויה בתחילת 2010. במהלך החקירה נחקרו כ-250 איש. עשרות מהם נחקרו באזהרה, כחשודים. זו אחת החקירות הגדולות ומקיפות שנערכו בישראל.

ביום 14 באוגוסט 2010 פרסמנו כאן כי בפרקליטות גיבשו טיוטות כתבי אישום נגד מרבית המעורבים בפרשה, כולל נגד אולמרט עצמו. טיוטות הוכנו נגד מהנדס העיר לשעבר אורי שטרית; עו"ד אורי מסר; מנהלת הלשכה לשעבר שולה זקן; ראש העירייה לשעבר אורי לופוליאנסקי; סגן ראש העירייה לשעבר יהושוע פולק; סגן ראש העירייה לשעבר אלי שמחיוף; בעל המקרקעין בפרויקט הלל צ'רני; המתווך מאיר רבין; מנהל המנהל לשעבר יעקב אפרתי; וכן נגד גורמים נוספים. בפרשת חוות הזרע (אביגדור קלנר) ובפרשת תעשיות מלח (דני דנקנר).

• אהוד אולמרט - ראש עיריית ירושלים בין השנים 1993 – 2003 ושר התמ"ת בין השנים 2003 - 2006 - קיימת לגביו תשתית ראייתית לכאורה, לביצוע עבירות של לקיחת שוחד, מרמה והפרת אמונים.

• אורי לופוליאנסקי - סגן ראש עיריית ירושלים, יו"ר הוועדה המקומית לתכנון ובניה וממונה על אגף ההנדסה בעיר בין השנים 1993 – 2003. ראש עיריית ירושלים בין השנים 2003 - 2008 - קיימת לגביו תשתית ראייתית לכאורה, לביצוע עבירות של לקיחת שוחד, מרמה והפרת אמונים.

• אורי שטרית- אדריכל, מהנדס עיריית ירושלים בין השנים 2001 – 2006 - קיימת לגביו תשתית ראייתית לכאורה, לביצוע עבירות של לקיחת שוחד, מרמה והפרת אמונים, הלבנת הון, רישום כוזב במסמכי תאגיד ועבירות מס.

• שולה זקן – ראש לשכתו של אהוד אולמרט בתפקידיו כראש עיריית ירושלים, שר התמ"ת, וכראש הממשלה - נתגבשה כנגדה תשתית ראייתית לכאורה, לביצוע עבירות של לקיחת שוחד, תיווך בשוחד, מרמה והפרת אמונים והלבנת הון.

• אלי שמחיוף - סגן ראש עיריית ירושלים בשכר בין השנים 2003 - 2008 - קיימת לגביו תשתית ראייתית לכאורה לביצוע עבירות של לקיחת שוחד, מרמה והפרת אמונים, הלבנת הון ועבירות מס.

• יהושע פולק - סגן ראש עיריית ירושלים, יו"ר הוועדה המקומית והממונה על אגף ההנדסה בעירייה, בין השנים 2003 - 2008 - קיימת לגביו תשתית ראייתית לכאורה לביצוע עבירות של לקיחת שוחד, מרמה והפרת אמונים, הלבנת הון ועבירות מס.

• הלל צ'רני - איש עסקים ומבעלי הקרקע של מתחם הולילנד ומתחם צוק מנרה - קיימת תשתית ראייתית לכאורה לביצוע עבירות של מתן שוחד, הלבנת הון ורישום כוזב במסמכי תאגיד ועבירות מס.

• מאיר רבין - עוזרו האישי של עד המדינה בין השנים 1997 – 2007 - קיימת לגביו תשתית ראייתית לכאורה לביצוע עבירות של מתן שוחד, קשירת קשר לביצוע פשע, הלבנת הון ועבירות מס .

• אביגדור קלנר - בעל מניות ונושא משרה בכיר בחברת "הולילנד פארק" ובחברת "הזרע" בתקופה הרלוונטית לחקירה - קיימת תשתית ראייתית לכאורה לביצוע עבירות של מתן שוחד, עבירות מנהלים בתאגיד, מרמה והפרת אמונים בתאגיד, שיבוש מהלכי חקירה, הלבנת הון, עבירות מס ורישום כוזב במסמכי תאגיד.

• רו"ח אלי חסון - חשב חברת הולילנד - קיימת לגביו תשתית ראייתית לכאורה, לביצוע עבירות של רישום כוזב במסמכי תאגיד וסיוע למתן שוחד ועבירות מס .

• דני דנקנר - יו"ר דירקטוריון חברת תעשיות המלח וסגן יו"ר דירקטוריון בנק הפועלים בתקופה הרלוונטית לחקירה - קיימת לגביו תשתית ראייתית לכאורה לביצוע עבירות של מתן שוחד, רישום כוזב במסמכי תאגיד ועבירות מס.

מנהל מינהל מקרקעי ישראל בתקופה הרלוונטית לחקירה, יעקב אפרתי, אשר נחשד בקבלת שוחד יואשם על-פי המלצת המשטרה אך ורק בעבירות של מרמה והפרת אמונים. זאת לאחר שהמשטרה הצליחה לבסס תשתית ראייתית נגדו רק ביחס לעבירות הללו.

בא-כוחו של יעקב אפרתי, עו"ד ירון קוסטליץ ממשרד ד"ר יעקב וינרוט, אמר בתגובה להמלצות המשטרה כי הוא מברך על מסקנת המשטרה כי אין תשתית ראייתית בגין שוחד נגד אפרתי וכי הוא מאמין שהפרקליטות תגיע למסקנה, כי אין להגיש נגד אפרתי כתב אישום כלל.

לדבריו, אין בחוק כל זכר להמלצות המשטרה וכי רק החלטת הפרקליטות היא הקובעת בעניין ההעמדה לדין.

"לעניין "המלצת" המשטרה, הרי שכפי שקבע בית המשפט העליון באחרונה, לא אדע מה זכר להליך של "המלצת" המשטרה בחוק, ומאין צץ", ציין.

המשטרה הודיעה עוד כי לא הצליחה לגבש תשתית ראייתית נגד מקורבו לשעבר של אהוד אולמרט, עו"ד אורי מסר, בפרשת הולילנד.

כמו-כן לא גובשה תשתית ראייתית נגד מתי חותה, שהיה יו"ר הוועדה המחוזית לתכנון ובנייה ויו"ר וועדת המשנה להתנגדויות בין השנים 1996 – 2004.

בעקבות הודעת המשטרה הודיעו עו"ד אורי מסר ועורכי דינו כי ייתנו הצהרה לתקשורת בשעה 16:20 בכניסה למלון קראון פלאזה בירושלים.

במסגרת החקירה שנוהלה על-ידי צוות חקירה מיוחד ומוּרחב שהקיף את כלל שוטרי וקציני יאח"ה וכוחות נוספים מיחידות להב 433 בפיקודם של ראשי יאח"ה תת ניצב שלומי איילון ותת ניצב זיוה אגמי-כהן, ובשיתוף חוקרי רשות המיסים, בראשות אבי ארדיטי נגבו קרוב ל-600 הודעות מכ-250 מעורבים. כ-50 מעורבים נחקרו באזהרה ובוצע חיקור דין בארה"ב.

מעצרם של 13 חשודים הוארך בביהמ"ש לתקופות שונות: מאיר רבין, הלל צ'רני, אורי מסר, אורי שטרית, אלי חסון, אביגדור קלנר, אורי לופוליאנסקי, יעקב אפרתי, דני דנקנר, שולה זקן, אליעזר שמחיוף, יהושע פולק ומתי חותה. כל העררים על החלטות המעצר, 14 שהוגשו לביהמ"ש המחוזי ו- 2 שהוגשו לביהמ"ש העליון – נדחו.

במסגרת החקירה הוקפאו נכסים למספר רב של חשודים, בהיקף רב, בהם חשבונות בנק, כספים בבתי השקעות, נכסי נדל"ן, כלי רכב ומניות של חברות וכן הוצאו שומות אזרחיות לחשודים.

החקירה האינטנסיבית פוקחה אישית באופן רצוף משלביה הסמויים, על-ידי ראש אגף החקירות והמודיעין ניצב יואב סגלוביץ' ועל-ידי ראש להב, ניצב דודו מנצור.

מהלכי החקירה לווו באופן רצוף מראשיתם על-ידי פרקליט המדינה, משה לדור, והמשנים לו, וצוות פרקליטים ממחוז ת"א (מיסוי וכלכלה) ומהמחלקה האזרחית בפרקליטות המדינה. מן המשטרה נמסר כי ראש אח"מ הנחה להעביר את תיק החקירה ואת הסיכום לפרקליט המדינה ולפרקליטות ת"א (מיסוי וכלכלה).