מומחים רבים טוענים כי הגוף חייב ללמוד להתמודד עם חיידקים כדי להגן על עצמו מבעיות בריאותיות. מצד שני, היגיינה טובה הצילה מיליוני חיים, והגנה על אנשים מאין ספור זיהומים חיידקיים ווירליים.
עם זאת, ישנה דאגה הולכת וגוברת כי הדבקות הקפדנית בהיגיינה היא שגרמה לכך שבני אדם יהיו חשופים לצורות אחרות של מחלות. התומכים בתאוריה מאמינים כי הירידה בחשיפה לחיידקים, לווירוסים ולטפילים פגעה ביכולת של המערכת החיסונית להגיב כראוי לאתגרים סביבתיים.
ואכן, חוקרים מהמרכזים למניעת ובקרת מחלות (CDC) זיהו את "תאוריית ההיגיינה" כגורם אפשרי, או כגורם נוסף, למספר מחלות ובעיות רפואיות, ואלו כוללות:
- הפרעות של הקיבה והמעיים, כמו מחלת מעי דלקתית ומחלת קרוהן.
- הפרעות אוטואימיוניות, כמו סוכרת מסוג 1 וטרשת נפוצה.
הראיות לכל אלו הן ראיות מוצקות, לדברי החוקרים, שטוענים כי מחקרים רבים הראו שאנשים החיים בחווה, או מחזיקים כלב בבית, נוטים לסבול פחות מהפרעות אלו. סביר להניח, כי גם הילדים הצעירים ביותר במשפחה, הסיכויים שלהם לסבול מהפרעות אלו יהיו קטנים יותר.
שורשי "תאוריית ההיגיינה", הם מסבירים, נמצאים באבולוציה. למעשה, אורגניזמים שונים שהיו קיימים בבוץ וברפש, במים מזוהמים ובצואה היו איתנו כבר מתחילת האנושות. חסידי "תאוריית ההיגיינה" מאמינים כי גוף האדם אימץ אורגניזמים אלו והחל להשתמש בהם כאמצעי אימון של המערכת החיסונית.
מה שאירע לאורך האבולוציה הוא שהצורך בסבילות לחיידקים אלו, הביא לעמידות של המערכת החיסונית. חיידקים אלו הם למעשה "שוטרים" השומרים על המערכת החיסונית ומונעים ממנה להפריז בפעילותה. למעשה, המערכת החיסונית תוקפת כעת גורמים שהיא לא צריכה לתקוף.
"תאוריית ההיגיינה" קשורה בעיקר לעליה במחלות האלרגיות ולאסתמה. ההשערה היא שמדובר בדרך בה המערכת החיסונית מתפתחת. חיידק הנמצא בסביבה הוא ש"מלמד" את המערכת להגיב לאלרגנים שהם פחות חמורים. אך בהעדר חיידקים אלו, המערכת החיסונית גורמת דווקא להתפתחות מחלות אלרגיות.
חוקרים רבים השתמשו בתאוריה כדי להראות שזיהומים טפיליים יכולים לעזור בטיפול במצבים כמו טרשת נפוצה ומחחלת קרוהן.
חוקרים מארגנטינה הראו, לדוגמא, כי נוכחות טפילי מעיים יכולה למתן את התקדמות הטרשת הנפוצה. מחקרים אחרים הראו כי אנשים שטופלו בזיהומים טפיליים, נהנו מנסיגה של הטרשת הנפוצה. צוות חוקרים מאוניברסיטת איובה גילה תוצאות דומות בהיבט של מחלת קרוהן, והצליח להוכיח כי טפילים של המעיים סייעו לווסת את התגובה החיסונית הגורמת להפרעות מעיים.
מצד שני, חשיפות כאלו נושאות איתן כמובן סיכונים. רופאים מודאגים מכך שיש מי שישתמש בתאוריית ההיגיינה כתירוץ לזנוח היגיינה טובה ויגרום בכך לעליה בשיעור מחלות כמו דיזינטריה וכולירה.
לדברי מומחים רבים, בריאות הציבור ומצב הסניטציה הם שהביאו לשיפור הגדול ביותר בתוחלת החיים ולכן ישנה חשיבות גדולה להיגיינה טובה. מצד שני, חשיפה לחיידקים פה ושם לא יכולה להזיק בהיבט זה.
באופן כללי, חשוב לשמור על היגיינה כללית טובה ולהמתין עדי שיהיו ראיות מדעיות מוצקות ליתרונות ולחסרונות שבכך.