בפסק דינו הפומבי האחרון לפני השבעתו לתפקיד מבקר המדינה, אישר (יום ה', 28.6.12) שופט בית המשפט המחוזי בירושלים, יוסי שפירא, הסדר טיעון עם העבריין יצחק ברמוחה וארבעה נאשמים אחרים. ההסדר הושג לאחר ישיבות גישור רבות שניהל שפירא.

כתב האישום המקורי ייחס לנאשמים ניהול ארגון פשע או חברות בו. בכתב האישום המתוקן נמחק אישום זה (המאפשר להכפיל את הענישה על כל עבירה) הם הודו והורשעו בעבירות של מירמה, סחיטה באיומים, עבירות לפי פקודת מס הכנסה ועבירות לפי החוק לאיסור הלבנת הון. המדינה הסבירה את הסכמתה לתיקון כתב האישום בכמות העצומה של העבודה שתידרש לה לצורך ניהול המשפט, אשר תבוא לידי ביטוי בנבירה באלפי מסמכים כדי לתת מענה לשאלות ההבנה, ובצורך לתמלל אלפי שיחות שהוקלטו בהאזנות סתר.

התובע, יובל קפלינסקי, הודה בדיון, כי ההסכמות "אינן ממצות את הדין עם הנאשמים, על מעשיהם ופשעיהם. העונשים אינם רק מתונים אלא אפשר לומר קלים ביחס למעשים, בוודאי ביחס למעשים שפורטו בכתב האישום המקורי". לדבריו, המשפט היה עתיד להתנהל זמן ארוך בהרבה מכפי ששיערה התביעה מראש, וזו הסיבה שהביאה אותה להסכים להסדר הטיעון.

שפירא גזר על יצחק ברמוחה 43 חודשי מאסר בפועל, שרק 12 מהם יצטרפו לעונשי המאסר שהוא מרצה כעת. אשתו, אולין ברמוחה, נדונה לשישה חודשי מאסר על תנאי. אלירן דרי נדון ל-41 חודשי מאסר, מתוכם ינוכו שנתיים וחצי מאז יום מעצרו. אשתו דבורה נדונה לשישה חודשי מאסר על תנאי ול-120 שעות שירות לתועלת הציבור. על מקסים קוריאצ'י נגזרו 47 חודשי מאסר מאז מעצרו בינואר 2011.

בסיום פסק הדין אומר שפירא: "זהו התיק האחרון שבו אני קורא את תוצאתו באולם פתוח בבית משפט זה, באותו אולם בו נתתי את החלטתי הראשונה כשנתמניתי כשופט בבית משפט זה, לפני תשע שנים, לאור סיום כהונתי כשופט בבית המשפט המחוזי בירושלים בתחילת שבוע הבא.

"תיק זה לא היה במצבת התיקים של מותב זה, ואולם לאור חשיפתי לחומרים במהלך הדיונים בבקשה למעצר עד תום ההליכים, הסכמתי לשמש כמגשר, וכאמור הושקעו בהליך זה דיונים אחדים שחלקם גלש לשעות ערב מאוחרות. לפיכך, מסיים אני את כהונתי כאמור מתוך הרגשת סיפוק שגישור זה צלח!"