יסודה של הרשות לפיתוח כלכלי במגזר המיעוטים הוא בהמלצות ועדת החקירה הממלכתית בראשות השופט
תאודור אור, אשר בדקה את מהומות אוקטובר 2000. הוועדה קבעה, כי יעד עיקרי של המדינה חייב להיות השגת שוויון אמיתי לאזרחיה הערבים, הן מטעמים חוקתיים והן מטעמים מעשיים. אלא ששש שנים לאחר הקמת הרשות, היא רחוקה מאוד מהשגת יעדיה.
עם הקמת הרשות בשנת 2007 קבעה הממשלה, כי ייעודה הוא להביא למיצוי הפוטנציאל הכלכלי של אוכלוסיית המיעוטים, באמצעות עידוד פעילות כלכלית יצרנית ועסקית במגזר המיעוטים והגברת שילובו של המגזר בכלכלה הלאומית הרחבה. ואולם, משנת 2010 הרשות טרם החלה לבצע פעולות מעשיות ליישום החלטת הממשלה שבה נקבע, כי עליה לפעול לעידוד מפעלים ממגזר המיעוטים לספק שירותים וטובין לממשלה. כמו-כן, אין כל דרך לדעת האם הרשות קידמה השקעות כספיות במגזר המיעוטים.
בשנת 2010 החליטה הממשלה על תוכנית חומש לפיתוח כלכלי לשנים 2014-2012 ב-12 יישובים במגזר המיעוטים והטילה את ניהולה על הרשות. כחלק מן התוכנית, אמור משרד השיכון להשתתף בעלויות פיתוח קרקע בבעלות המדינה והכשרתה לבנייה רוויה של עד 4,240 יחידות דיור. עד מועד סיום הביקורת חלפה כמחצית התקופה שנקבעה לביצוע התוכנית, אולם רק 700 יחידות דיור הגיעו לשלב שמאפשר לקבל את הסבסוד, ולכן ספק אם יעד זה יושג.
מבקר המדינה אומר, כי על הרשות וועדת ההיגוי שלה להכין תוכנית עבודה רב-שנתית ותוכניות עבודה שנתיות מפורטות לשנים הבאות הכוללות לוחות זמנים לביצוע המשימות שהוטלו על הרשות ולקבוע מדדי תפוקה, על-מנת שהרשות תוכל למדוד ולהעריך את תוצאות פעילותה לקידום הפעילות הכלכלית במגזר המיעוטים.
כמו-כן, על הרשות לדווח לממשלה מדי שנה בשנה על כלל פעולות הממשלה לפיתוחו הכלכלי של מגזר המיעוטים ולהכין חוות דעת הנוגעות לנושא זה, על-מנת שלממשלה תהיה תמונת מצב כוללת בעת קבלת החלטותיה הנוגעות לתקציב הנדרש ולפעולות האחרות שיש לעשות בתחום זה.
על הרשות לוודא, כי התקציבים המושקעים ביישום תוכנית החומש משיגים את היעדים המצופים, ולפעול להסיר את החסמים בתחומים שבהם העלתה הביקורת שלא ננקטו הפעולות המספקות.