חקירת פרשת הרפז עוברת לשלב הפלילי הגלוי. דובר צה"ל לשעבר, אבי בניהו, ומי שהיה עוזר הרמטכ"ל, ארז וינר, הובאו (יום ד', 19.3.14) לבית משפט השלום בראשון לציון לאחר שנחקרו באזהרה על חלקם בפרשה. קודם לכן, נשלח בועז הרפז לעשרה ימי מעצר בית. השופט מנחם מזרחי האריך בהסכמה את מעצרם ביממה, ואז ידון בהמשך מעצרם או בשחרורם בתנאים מגבילים.

הרפז, בניהו ווינר חשודים בקשירת קשר לביצוע פשע, שיבוש מהלכי משפט, השמדת ראיות, מרמה והפרת אמונים, גניבה בידי מורשה וגילוי בהפרת חובה. על-פי דוח מבקר המדינה, הרפז הוא שזייף את המסמך שנשא את שמו, ובו "תוכנית פעולה" להבטחת מינויו של יואב גלנט לרמטכ"ל. עוד קבע המבקר, כי וינר ובניהו היו שותפים למאבקו של הרמטכ"ל דאז, גבי אשכנזי, נגד שר הביטחון דאז, אהוד ברק.

לגבי וינר ובניהו נכתב בבקשת המשטרה להאריך את המעצר, כי הם "פעלו ביחד עם אחרים לאיסוף והפצת חומר מכפיש על אנשי צבא ופוליטיקאים וזאת תוך ביצוע שורת עבירות לרבות השמדת ראיות ושיבוש מהלכי משפט". עוד נטען, כי כל אחד מהשניים "החזיק שלא כדין חומרים מסווגים ברמת סודי, סודי ביותר ואף מעבר לכך. בנוסף, העביר לידיעת גורם בלתי מוסמך חומרים מסווגים ברמת סודי ביותר".

עורכי דינם של וינר ובניהו טענו בדיון, כי מדובר בחשדות המתייחסים לשנת 2010 - מועד פרסום מסמך הרפז - אשר כבר נבדקו בידי מבקר המדינה. נציג המשטרה השיב, כי חלק מהחשדות מתייחסים לתקופה מאוחרת יותר, וכי בפני וינר הוצגו חשדות שלא הוצגו לו בעבר. לגבי החומר הסודי טען סניגורו של בניהו: "אני מעריך שלכל איש צבא יש כזה בבית, זה לא בסדר, אבל על זה יש חשש לשלום הציבור?". סניגורו של וינר אמר, כי מדובר במסמכים שהוחזקו ברשות, במסגרת מאבקו המשפטי של וינר בפרשת הרפז.

בניהו אמר, כי הוא מתקשה לשמוע את הטענה שהוא מהווה סכנה לביטחון הציבור. "למעלה משני עשורים נמצאתי ראוי על-ידי ראשי המדינה להיות בתפקידים רגישים ביותר. אני את רוב שנות חיי הבוגרים הקדשתי לביטחון הציבור, גם בצמרת הכי גבוהה.

"אני עומד כאן כחלק מפרשה שהייתי מעורב בה בעל כורחי, השתדלתי לעשות את התפקיד בצד הטוב ביותר. אני אדם שומר חוק. אני חושב שחובתה וזכותה של המשטרה לבצע עבודתה. אני שמח על החקירה. מפנה תשומת לב כי כידוע החקירה מתנהלת על חצי מגרש, הכל הושמד, כולל הגיבויים בצד השני, אין לי אלא להצר על כך" - אמר, בהתייחסו להשמדת תקליטורים בלשכת ברק.

היועץ המשפטי לממשלה, יהודה וינשטיין, עיכב במשך זמן רב את ההוראה לפתוח בחקירה פלילית בפרשה, וטען שניתן להסתפק בחקירה של המשטרה הצבאית החוקרת (מצ"ח). זאת, למרות שמבקר המדינה דאז, מיכה לינדנשטראוס, העביר לידיו ממצאים המלמדים על חשדות לפלילים (ולא רק לעבירות מתחום המשמעת הצבאית). רק באוגוסט שעבר, בעקבות פרסום דוח המבקר ועתירות לבג"ץ, הורה וינשטיין למשטרה לפתוח בחקירה - כשנתיים לאחר שנחשף מסמך הרפז המזויף.