המכללה האקדמית להנדסה אורט בראודה בכרמיאל פעלה במשך כמעט 15 שנים בניגוד לנורמות הניהוליות של ות"ת (ועדת המשנה של המועצה להשכלה גבוהה [מל"ג] לתכנון ולתקצוב), שתכליתן לחזק את עצמאותו ואת מעמדו של המוסד האקדמי. כך קובע (יום ג', 5.5.15) מבקר המדינה, יוסף שפירא.

השליטה של אורט ישראל באורט בראודה, באמצעות חברים בעלי זיקה לאורט ישראל ונושאי משרה שמונו למוסדות המנהלים של המכללה, יצרה מצב של פגיעה אפשרית בעצמאות המכללה. לשליטה כזאת של גוף חיצוני במוסדות המנהלים של גוף אחר המתוקצב על-ידי המדינה, יש השפעה יסודית על התנהלותו של הגוף המתוקצב, על סדרי העדיפויות שלו ועל תהליכי קבלת ההחלטות בו. השליטה של אורט ישראל במוסדות המנהלים של המכללה אף הביאה, לכאורה, להעברות כספים ביניהן בחוסר שקיפות ובלא פיקוח ובקרה של המל"ג המשמשת כמאסדרת (רגולטור).

למרות זאת, הן מל"ג והן ות"ת, שהיו ערות לנושא כבר מעת שהוקמה המכללה, לא פעלו בנחרצות לשינוי המצב. בספטמבר 2014 אישרה המל"ג את ההסכם בין אורט ישראל למכללה שנועד להסדיר את עצמאותה של המכללה, ובנובמבר אותה שנה היא אף אישרה תקנון חדש למכללה; אך ניתוח סעיפי ההסכם, כמו גם סעיפי התקנון החדש, מעלה שהם אינם מתיישבים עם כלל הנורמות הניהוליות שקבעה ות"ת.

משך הכהונה של חלק ניכר מחברי המוסדות המנהלים של המכללה חרג מתקופת הכהונה המותרת על-פי הנורמות של ות"ת. ביוני 2014, מבין 13 החברים שכיהנו בוועד המנהל של המכללה בשלוש השנים האחרונות, חמישה (38%) כיהנו בתפקידם יותר מ-12 שנים.
צבי פלג כיהן כיו"ר חבר הנאמנים וכחבר בוועד המנהל של המכללה, בה בשעה שכיהן כמנכ"ל אורט ישראל, ולפיכך היה נתון בניגוד עניינים מובנה בין שני תפקידיו.

עוד בדצמבר 2003 פנתה ות"ת למכללה וציינה, כי פלג לא יכול להיות בעל תפקיד באורט ישראל, וכי עליו לסיים את תפקידו לאלתר. אף שעברו יותר מעשר שנים מאז פורסמו הנורמות הניהוליות של ות"ת וכ-12 שנים מאז מונה פלג, לא אכפה ות"ת את הנורמות הללו ואפשרה למצב זה של ניגוד עניינים מובנה ופגיעה אפשרית בעצמאות המכללה להמשיך ולהתקיים.

כמו-כן, שיעור נציגי הגורמים החיצוניים במוסדות המנהלים של המכללה עלה על המותר בנורמות של ות"ת, ורובם ככולם היו ועדיין משויכים לאורט ישראל ונתונים אפוא גם הם בניגוד עניינים מובנה.

המבקר קובע, כי על מל"ג-ות"ת להחיל על המכללה את הנורמות החלות על כל מוסד אקדמי אחר. כן עליהן לוודא שגם לגופים חיצוניים אחרים מלבד אורט ישראל תהיה נציגות במוסדות המנהלים של המכללה. על המל"ג לפעול בנחישות להסדרת עצמאותו של כל מוסד אקדמי שמתנהל בצורה דומה.