שלושה מחברי הוועדה למינוי רואי חשבון בחברות הממשלתיות פעלו בצורה העלולה להוות ניגוד עניינים. שניים מהם אף הגיעו בפועל לניגוד עניינים - קובע (יום ב', 9.4.18) מבקר המדינה, יוסף שפירא, בדוח שלו על מינוי רואי החשבון בחברות אלו.

שפירא מצא, כי רם בלינקוב הפר את ההסדר עליו חתם כאשר השתתף בדיונים שבהם נדונו גם רואי חשבון שנתנו שירותים לחברות שבהן הוא מכהן כדירקטור. כמו-כן, אף שהצהיר, כי יימנע מלהתייחס למינויים הקשורים לשני רואי החשבון הקשורים אליו, הוא השתתף בישיבה שבה נדונו חברות שלחלק מהן היו מועמדים שני רואי חשבון אלו, ואף רואה החשבון המבקר של תע"א שבה כיהן בדירקטוריון. באוגוסט 2016 - לאחר תחילת הביקורת - תוקן בדיעבד דוח ישיבת הוועדה מאוגוסט 2015 ונכתב בו, לבקשת בלניקוב, כי הוא לא השתתף בדיון על בחירת רואה החשבון של תע"א.

חבר אחר בוועדה, רו"ח אורי בארי, שהומלץ בידי לשכת רואי חשבון, היה חבר ברשימתו של יזהר קנה ובמהלך הבחירות בספטמבר 2015 אף תמך באופן פעיל בבחירתו לנשיא. בארי השתתף בישיבות שנגעו במישרין ובעקיפין למשרד פאהן-קנה, בו קנה הוא שותף מנהל, ואף הציע בספטמבר 2015 - החודש בו נבחר קנה לנשיא הלשכה - למנות את משרדו לרואה החשבון של רפאל, למרות שהרשות לא הציעה את מועמדותו. באותה ישיבה נדונה גם מועמדותו של המשרד לנמלי ישראל ולנתיבי גז, ובסופו של דבר הוא נבחר לנתיבי גז. בינואר 2016 השתתף בארי בדיון בו נדונה האפשרות להעביר את פאהן-קנה מנתיבי גז לתאגיד כאן.

שפירא מעיר לבארי, כי הוא פעל שלא על-פי הסדר ניגוד העניינים שחתם עליו, ובו התחייב להימנע מלהשתתף בדיונים בעניינם של רואי חשבון שהיו מעורבים באופן פעיל בבחירתו לוועד הלשכה. אם בארי חשב אחרת, מציין שפירא, היה עליו לקבל את אישור היועץ המשפטי של הרשות ולשנות בהתאם את ההסדר עליו חתם.

רו"ח יוסף אבו-נאסר היה בעבר חבר בוועד המרכזי של הלשכה, הוא חבר בוועד מחוז הצפון שלה ותמך בבחירתו של קנה לנשיא הלשכה. הוא השתתף בדיונים על החלופות לחברות הגדולות, שהשפיעו גם על משרד פאהן-קנה, והציע למנות את המשרד לחברת נתיבי גז - כפי שנעשה - וגם בחברת נמלי ישראל. אבו-נאסר השתף גם בדיון בנושא העברת פאהו-קנה לתאגיד כאן, וכן הציע למנות את המשרד לאחת מחברות הביטוח. שפירא אומר, כי אבו-נאסר לא הפר את הסדר ניגוד העניינים, אך מוטב היה שיבקש ייעוץ משפטי. עוד מדגיש שפירא, כי לא העלה ממצאים או ליקויים כלשהם בנוגע למשרד פאהן-קנה עצמו או לפעולות שנקט בקשר עם בחירתו לחברות.