מיקי גנור, שהיה נציג המספנות הגרמניות טיסנקרופ בישראל, פנה באמצעות עורכי דינו לשר הביטחון, בני גנץ, ואל היועץ המשפטי לממשלה, אביחי מנדלבליט, בדרישה להוצאת בדיקת תהליכי הרכש של הצוללות ממשרד הביטחון בטענה כי המשרד הוא בעל אינטרס ובדרישה לבדיקה האם נבחנה משמעות הקמת הוועדה נוכח פגיעה אפשרית שתיגרם בגללה לתקינות ולהוגנות של ההליך הפלילי המתנהל בפרשת כלי השיט.

לטענת גנור, הוא תומך בהקמת גוף חיצוני לבדיקת הליכי הרכש של הצוללות ואף שוקל לבקש להתייצב ולמסור עדות בפני כל וועדה שתקום, כמי שיש בעדותו לסייע בבחינת התהליכים הנדונים, מנקודת מבטו.

"אולם ככל שהיה מקום להקים גוף בדיקה חיצוני, הרי שהייתה צריכה להיות מוקמת ועדה ממלכתית ולא כזו המתקיימת תחת האכסניה של משרד הביטחון. כך, משרד זה אינו רק הרגולטור בתחום האמור. הוא גם צד קשור ובעל אינטרס. זאת, על אחת כמה וכמה משהוועדה תצטרך להידרש לבחינת אופן תפקודם ופועלם של גורמים מרכזיים במשרד", כתבו עורכי דינו של גנור, בועז בן-צור, אורי קורב ומאיר ארנפלד.

לטענתם, ישנה בעייתיות במינויו של אברהם בן שושן, שהיה מפקד חיל-הים ונספח משרד הביטחון בוושינגטון, לחבר בוועדת הבדיקה. זאת, משום שבן שושן היה אחד המועמדים שגנור שקל להעסיק במשרת יועץ, ואף נפגש עמו בנושא בתקופה שבה ייצג גנור את מספנות טיסנקרופ בעסקות כלי השיט.