רכבת ישראל סיימה את שנת 2021 ברווח נקי של 7 מיליון שקל. ירידה של 76.6% לעומת רווח נקי של 30 מיליון שקל שנרשם בסוף 2020. סך ההכנסות של הרכבת הסתכמו בשנה החולפת ב-2.55 מיליארד שקל, עלייה של 6.7% לעומת ההכנסות בשנת 2020 שהסתכמו ב-2.39 מיליארד שקל.
הרווח התפעולי בנטרול פחת והפחתות בשנת 2021 עמד על 24 מיליוני שקלים, בהשוואה ל-2.5 מיליוני שקלים בשנת 2020.
במהלך שנת 2021 מכרה רכבת ישראל 35 מיליון כרטיסים, בהשוואה ל-24 מיליון כרטיסים שנמכרו בשנת 2020. הנתון של 2020 הושפע באופן דרמטי מסגרי הקורונה ומההשבתה הממושכת של פעילות הרכבת במהלך השלב הראשון של התפשטות מגפת הקורונה. ממוצע הנסיעות היומי בשנת 2021 עמד על 141 אלף נסיעות ביממה, בהשוואה ל-119 אלף נסיעות ביממה בשנת 2020.
ההכנסות מהסעת נוסעים לשנת 2021 הסתכמו לסך של כ-303 מיליוני שקלים בהשוואה ל-241 מיליוני שקלים בשנת 2020.
ממוצע דיוק הרכבות בשנת 2021 עמד על 96.34 אחוזים לעומת 95.7 אחוזים בשנת 2020. שיפור זה מיוחס לתשומת לב ניהולית לצד מיקוד בהיערכות תפעולית, בין היתר על-ידי העמדת רכבות כונניות במיקומים אסטרטגיים ברשת.
בשנת 2021 הובילה רכבת ישראל 7.5 מיליון טון, לעומת 8 מיליון טון בשנת 2020. הכנסות הרכבת מהובלת מטענים עמדו בשנת 2021 על כ-162 מיליוני שקלים, לעומת 168 מיליוני שקלים בשנת 2020. הפסד מגזר המטענים בשנת 2021 עמד על כ-80 מיליוני שקלים, בהשוואה ל-47 מיליון שקלים בשנת 2020.
ההפסד במגזר המטענים מיוחס בין היתר להקטנת כמות רכבות המטען המופעלות, בשל הפסקת תנועה יזומה לצורך עבודות תשתית ופיתוח, כמו-כן לצורך עבודות לחישמול רשת המסילות. בשנת 2020 החלה רכבת ישראל בביצוע פרויקט המסילה המזרחית אשר תהווה ציר עוקף למסילות החוף ופרוזדור איילון, ותגדיל משמעותית של הגמישות התפעולית של רכבת ישראל וכן את פוטנציאל שינוע המטענים.