לאירן תרומה משמעותית למאבק בטרור העולמי. כך טוען היום (שבת, 12.6.04) שר החוץ האירני, כמאל חראזי. לדברי חראזי, התרומה האירנית למאבק בטרור מתבטאת במעצר פעילי אל קאעידה שפעלו בשטחה.
"מעצרם של פעילי בן לאדן בשטחנו וניתוקם מהעולם החיצוני הוא צעד חשוב מאוד במאבק בטרור", אמר חראזי לכתבים בטהרן. הוא לא ציין כמה אנשי אל קאעידה נעצרו באירן ולא מסר פרטים על זהותם.
ביולי 2003 טען השר לענייני מודיעין בממשלת אירן, עלי יונסי, כי אירן מחזיקה במספר רב של פעילים באל קאעידה, זוטרים ובכירים כאחד. מקורות אירניים טענו כי מאות פעילים של אל קאעידה הוסגרו מאירן למדינות מוצאם.
האירנים טוענים כי הם מתכוונים להעמיד חשודים נוספים בפעילות טרור לדין, בשל פשעים שביצעו לטענתם על אדמת אירן. לדברי חראזי, אירן משתפת פעולה במאבק בטרור עם מספר רב של מדינות, בהן סעודיה.
האמריקנים מאשימים את אירן במתן מקלט לנאמנים של אוסאמה בן לאדן, ודורשים מטהרן להסגירם לידיהם. בארה"ב סבורים שכמה מבכירי אל קאעידה מצאו דרכם לאירן לאחר המלחמה באפגניסטן לפני כשנתיים, וכי הם משתפים פעולה עם יחידה אירנית סודית, הקשורה בחסידי הקו הנוקשה במדינה.
האמריקנים מניחים כי באירן מסתתרים, בין היתר, סייף אל עאדל, בכיר באל קאעידה הקשור ככל הנראה לפיגועים בריאד, בירת סעודיה, בחודש שעבר; אבו מוחמד אל מצרי, החשוד בקשר לפיגועים נגד שגרירויות ארה"ב בקניה ובטנזניה ב-1998; אבו מוסעב אל זרקאווי, אזרח ירדני ממוצא פלשתיני, החשוד במעורבות בהתקפות על צבא ארה"ב ובפיגועי טרור בעירק בשנה האחרונה, כולל רציחתו בעריפת ראש של איש העסקים האמריקני ניק ברג; וסאעד בן לאדן, בנו הבכור של אוסאמה בן לאדן.