עיריית תל אביב הגישה עתירה לבית המשפט העליון, בבקשה לבטל את הפטור החלקי מתשלום ארנונה ולחייב את משרדי הממשלה לשלם ארנונה עירונית כפי שמחוייב כל בעל נכס.
לטענת עיריית תל אביב, סעיף 3 לפקודת מיסי העיריה ומיסי הממשלה (פיטורין) 1938 פוטר כיום מבני ממשלה מתשלום ארנונה. העיריה ביקשה לשנות סעיף זה, ולשם כך אף פנתה אל משרדי הממשלה ואל היועץ המשפטי לממשלה. ואולם, גורמים אלה לא פעלו לביטול הפטור, הגורם לעיוות במערכת המיסוי ברשויות וגורם נזק כספי כבר לעיריית תל אביב, הנאמד ב-2001 ב-66 מיליון ש"ח.
לטענת העותר, אין הצדקה לפטור הממשלתי והוא שריד ארכאי מתקופת המנדט הבריטי. הפטור הינו שרירותי ומפלה, ואין לו הצדקה, שכן הוא מפלה לרעה בין תושבי תל אביב לעומת הממשלה; ובין עיריית תל אביב לרשויות אחרות, הנהנות ממענקים ממשלתיים שעיריית תל אביב אינה נהנית מהם.
בעתירה נטען עוד, כי ב-1992 בוטל הפטור הנ"ל במסגרת חוק שעבר תהליך חקיקה רגיל. ואולם, הסעיף הוכנס מחדש בדלת האחורית - במסגרת חוק ההסדרים.