תלמידי אורט שפירא בכפר סבא ילמדו לקראת תואר ראשון באוניברסיטת תל אביב החל מכיתה י'. הלימודים מתקיימים במסגרת פרויקט "תואר ראשון כבר בתיכון", במסגרתו ילמדו התלמידים לתואר ראשון במקצועות: מתמטיקה, כימיה, ביולוגיה, חקר גוף ואדם, פיסיקה, חקר המוח, מחשבים, הנדסה וכו'.
לימודי הכיתה האקדמית ישולבו במסגרת יום הלימודים בבית הספר, ויתוגברו באופן מואץ ופרטני במקצועות הבגרות. בסמסטר הראשון, יתקיימו הלימודים במסגרת מכינה אוניברסיטאית לקראת הלימודים האקדמאיים. המכינה תכלול נושאים כגון: כתיבת עבודות אקדמאיות, קריאת מאמרים ותרגולים. במהלך הסמסטרים הבאים, התלמידים ישתלבו בקורסים שונים יחד עם הסטודנטים הלומדים באוניברסיטת תל אביב לפי המערכת, ובנסוף יקבלו סיוע ותמיכה לימודית.
הלימודים האקדמאים יחלו בשנת הלימודים הקרובה (תשס"ו) לכיתות י'. הלימודים מיועדים לתלמידים מצטיינים בעלי ממוצע 85 ומעלה, התלמידים יעברו מיונים החל מחודש מרס, מטעם בית הספר לחינוך של אוניברסיטת תל אביב ואורט שפירא כפר סבא.
