חיילי צה"ל מוסמכים ליטול חלק ביישום תוכנית ההינתקות. כך קובע (יום א', 14.8.05) נשיא בית המשפט העליון, השופט אהרן ברק, בפסק דין שניתן בעתירת הפורום המשפטי למען ארץ ישראל וחבר הכנסת אורי אריאל. יחד עם זאת קובע ברק כי לחיילים אין חסינות מתביעות אזרחיות או כתבי אישום פליליים ואין להם סמכות לעצור רכבים מחוץ ל"עוטף עזה".
בעתירה שהוגשה ב-3.8.2005 טענו העותרים, כי יש להימנע משימוש בחיילי צה"ל לשם ביצוע הפעולות של אכיפת החוק ושמירה על הסדר הציבורי בשטחי מדינת ישראל. לטענת העותרים, יש לבצע הבחנה בין פעולות של אכיפת חוק המתבצעות בתחומי מדינת ישראל ומופנות כלפי אזרחים ישראלים, לבין שמירה על ביטחון המדינה מפני אוייבים מחוץ.
העותרים טענו, כי אכיפת חוק אזרחית נמצאת בסמכותה הבלעדית של משטרת ישראל, ואילו הצבא מופקד על שמירת ביטחון המדינה מפני אויביה. העותרים טענו כי שימוש בצה"ל ובחייליו לצרכי שמירה על הסדר הציבורי אל מול אוכלוסיה אזרחית חוטא למהות תכליתו של הצבא שהוא צבא חובה, אינו הולם את ההכשרה הניתנת לחיילים וכי אין לחיילי צה"ל סמכות בדין לעכב ולעצור אזרחים.
בתגובה לעתירה טענה המדינה, כי קיים צורך ביטחוני-לאומי חיוני בשימוש בחיילי צה"ל. לטענתה, השימוש בחיילי צה"ל הוא חיוני לשם מימוש תוכנית ההינתקות, זאת לאור היקף ההתנגדות לביצוע התוכנית, ובהתחשב בהיקף כוח האדם העומד לרשות המשטרה וריבוי המשימות המוטלות עליה.
בפסק הדין שהתקבל היום בבג"צ קובע נשיא בית המשפט העליון, השופט אהרן ברק, כי השימוש בכוחות הביטחון למניעת הכניסה לשטח המפונה בחבל עזה והוצאת השוהים בו שלא כדין מעוגן מפורשות בסעיף 25 בחוק יישום ההינתקות ועל כן חוקי. כך גם השימוש בחיילי צה"ל בשטח עוטף עזה שמעוגן בתקנות ההגנה.
לעניין השימוש בחיילי צה"ל בשטח ישראל (שאיננו עוטף עזה) כותב השופט ברק, כי אכן מדובר בשאלה משפטית סבוכה שיש לתת עליה את הדעת. אך מפאת קוצר הזמן מוצא ברק את המקור לסמכות השימוש בחיילים בשטח ישראל בסעיף 18 לפקודת סדרי השלטון והמשפט הקובע: "הממשלה הזמנית רשאית להקים כוחות מזויינים, ביבשה, בים ובאויר, אשר יהיו מורשים לעשות את כל הפעולות הדרושות והחוקיות לשם הגנת המדינה, ולשם השגת יעדיה הביטחוניים-לאומיים".
יחד עם זאת קובע ברק כי לחיילים אין חסינות מתביעות אזרחיות או כתבי אישום פליליים. "אכן, דין חייל המשתתף ביישום תוכנית ההינתקות צריך להיות זהה לדין חייל בכל פעילות אחרת במסגרת הצבא. אין להעניק לו "חסינות" מיוחדת כשם שאין לשלול ממנו הגנה במקום שזו קיימת. עוד מדגיש ברק כי חיילים אינם רשאים לעצור או לעכב אזרחים מחוץ לאזור "עוטף עזה".
יש לציין כי הערות אלה יכולות להיות משמעותיות ביותר בשלבים המתקדמים של ההינתקות. כך לדוגמא: חייל אשר יכה אזרח או יזיק לרכושו בזדון, ניתן יהיה לתבעו אישית. כמו כן לא יוכלו חיילי צה"ל לערוך מעצרים של תושבים או "מסתננים" בגוש קטיף, וכל מעצר כזה חייב להיעשות עח-ידי שוטר.
בסיכום פסק הדין בעתירה כותב ברק:
"עתה מצויים אנו בשלב המכריע של ההינתקות. ההיבט ההיסטורי וההיבט הטראומטי באים לידי ביטויים המלא... שלטון החוק עומד למבחן. אופייה של ישראל כדמוקרטיה עומד למבחן. מבינים אנו את כאבם של הישראלים המתנגדים לפינוי ושל הישראלים המתפנים. כבד הוא הכאב מאד מאד. כאב זה אסור לו שיתורגם לפעילות בלתי חוקית הפוגעת בערכינו הדמוקרטיים. חיילי צה"ל המסייעים בהגשמת דבר הממשלה והכנסת הם זרועה של הדמוקרטיה הישראלית. הם שומרי חומותיה. מי ייתן ונעבור ימים קשים אלה מתוך הבנה, כי ביום המחר על כולנו לשתף פעולה בבניין המדינה, ובביסוס ערכיה היהודיים והדמוקרטיים".
אל פסק דינו של הנשיא ברק הצטרפו השופטים פרוקצ'יה וג'וברין. בכך דחה בית המשפט את העתירה.