בית המשפט הגבוה לצדק קיבל את הצעת משרד הביטחון, לפיה תופרד פעילותן של הוועדות הרפואיות שבאגף השיקום במשרד מפעילות היחידה העוסקת בתביעות וקביעת זכאות (קצין התגמולים), וזאת בעקבות עתירתו של אירגון נכי צה"ל בנושא.
בנוסף נקבע, כי תבוטל הסמכתו של ראש אגף השיקום כקצין תגמולים, תעשה הפרדה בין הייעוץ המשפטי שניתן לקצין התגמולים לבין זה הניתן לוועדות הרפואיות, וימונה להן יועץ משפטי נפרד.
במסגרת עתירתו הלין ארגון נכי צה"ל, כי במצב הדברים הנוהג, בו כפופות הוועדות הרפואיות לקצין התגמולים הראשי באגף השיקום של משרד הביטחון, מתגלע ניגוד ענינים בפעילות האגף.
האירגון ביקש גם להכריז על בטלותן של אותן הוראות הקבועות בתקנות הנכים ובהנחיותיו הפנימיות של אגף השיקום, מכוחן קנו לעצמם קציני התגמולים, יושבי-ראש הוועדות והממונים עליהן סמכות להורות על קיומו של דיון חוזר בענינו של נכה, אף לאחר שהוועדות אמרו את דברן לגביו.
לבסוף, נתבקש בית המשפט גם לאסור על הוועדות הרפואיות להסתייע בייעוץ משפטי מטעם אגף השיקום, הניתן בידי גורמים המספקים ייעוץ כזה לקצין התגמולים.
העתירה, כפי שתיאר אותה הרכבי שופטי הבג"צ (אדמונד לוי, אליעזר גרוניס ואסתר חיות), ביקשה לחולל רביזיה משמעותית בנוהלי עבודתן של הוועדות הרפואיות, שעיקרה הוא ניתוק הזיקה בינן לבין קצין התגמולים, האחראי על תשלום הכספים למי שהוכר כנכה צה"ל על-יסוד קביעתן של ועדות אלו, וזאת, "מחשש כי זיקה זו שוללת מן הנכים את זכותם על-פי דין לעמוד לבדיקתן של ועדות רפואיות בלתי תלויות, ופוגעת בשיקול דעתם של החברים בוועדות אלו, החבים נאמנות למקצוע הרפואה ולו בלבד".
משרד הביטחון מצידו, היה ער עוד קודם להגשת העתירה, לבעיות הכרוכות בנוהלי עבודתן של הוועדות הרפואיות, והקים ועדה בראשותו של אלוף (מיל.) רפאל ורדי, אשר דנה בנושא, והגישה את מסקנותיה למנכ"ל המשרד.
על יסוד המלצות הוועדה, הוחלט להפריד את מנגנון הוועדות הרפואיות מן היחידה באגף השיקום, העוסקת בתביעות ובקביעת זכאות, קרי: קצין התגמולים, ולהכפיפה, מן הבחינה המנהלית בלבד, להבדיל מזו המקצועית - ישירות לראש האגף. כן הוחלט להפריד בין הייעוץ המשפטי הניתן לקצין התגמולים לבין זה הניתן לוועדות הרפואיות.
על-אף ההחלטות האמורות, לא הניח הפתרון המוצע את דעת העותר, אשר טען כי ראש אגף השיקום בעצמו מוסמך לשמש כקצין תגמולים. שופטי הבג"צ ביקשו לפיכך מן המשיבים לשוב ולבחון את עמדתם בשלוש סוגיות מהותיות - הראשונה, היותו של ראש אגף השיקום, במקביל, ממונה הן על עבודת הוועדות הרפואיות והן כקצין תגמולים; השניה, אופן הסדרתה של ההפרדה בקבלת ייעוץ משפטי בין הגורמים המעורבים; והשלישית, סמכותם של קציני התגמולים, יושבי-ראש הוועדות הרפואיות והממונים על הוועדות להחזיר ענינו של נכה, שהוכרע בוועדה, לדיון נוסף בפניה.
מאוחר יותר, בהודעותיהם לבית המשפט, הודיעו המשיבים כי הוחלט לבטל את הסמכתו של ראש אגף השיקום כקצין תגמולים. כמו-כן צויין כי התקבל אישורו של משרד המשפטים למינויו של יועץ משפטי נפרד לוועדות הרפואיות - מינוי הנמצא בשלב מתקדם של הסידרה, וכי תבוטל סמכותם של יושב-ראש ועדה או של הממונה עליה להחזיר ענין שהוכרע לדיון נוסף בוועדה.
מעניין אחרון זה חזרו בהם המשיבים בהודעות מאוחרות יותר שמסרו, ותחת זאת הציעו כי קצין התגמולים יוכל להחזיר דיון לוועדה רפואית רק מששוכנע, על יסוד ייעוץ משפטי שקיבל, כי הוועדה חרגה באופן ברור מסמכותה, וכי החלטת הקצין תהא ניתנת לערעור.
בדומה, נטען כי השארתה של סמכות מעין זו גם בידי יושבי-ראש הוועדות הרפואיות היא חיונית, כדי למנוע כשלים בעבודת הוועדות, והוצע, כי ההסדר החדש ייבחן במשך שנה ובסיומה יידונו המסקנות העולות ביחס ליישומו.
אירגון נכי צה"ל מצידו, סירב גם הפעם לקבל את הצעת המדינה במלואה. ראשית, נטען, יש להבטיח את יישום הפתרון, לרבות קביעתו של לוח זמנים לכך, וביטולן של ההוראות בהן מעוגן ההסדר הקיים, באמצעות עשייתם של צווים מוחלטים.
בנוסף, שלל האירגון את הותרת הסמכות להורות על דיון חוזר בידיהם של הגורמים האמורים; דרש התחייבות כי לא רק לוועדות הרפואיות ימונו יועצים משפטיים נפרדים, אלא כי גם הלכה למעשה הן לא יסתייעו בייעוץ המשפטי הניתן לקצין התגמולים; ציין כי על היועצים המשפטיים הללו להיות כפופים לגורם חיצוני שאינו ראש אגף השיקום; והוסיף, כי יש לבטל את תפקיד הממונה על הוועדות הרפואיות, באשר הללו אינן כפופות אלא לדין.
בסיכום הדברים הדגיש האירגון, כי אינו בטוח שהכפפתן של הוועדות הרפואיות לראש אגף השיקום אכן תפתור את ניגוד הענינים הנטען, שכן, בין השאר, מוסיפים בעלי תפקידים בוועדות לשמש כקציני תגמולים בעצמם, והעומדים בראשו של אגף השיקום, לרבות קצין התגמולים הראשי, מוסיפים לאחוז בידם השפעה ניכרת על פעילות הוועדות - לרבות באמצעות סמכותם למנות מזכירים להן.
בנוסף נטען, כי חוק הנכים כלל אינו מאפשר להכפיף את הוועדות הרפואיות לראש אגף השיקום, שכן פעולתן נשלטת בידי שר הביטחון עצמו.
הרכבי שופטי הבג"צ, לאחר שקילת טיעוני הצדדים בכתב ובעל-פה, הגיע בסופו של דבר לכלל מסקנה, כי יש לקבל את הצעת המשיבים ולהניח להם ליישם את הפתרון המוצע לפרק הזמן, שבסיומו ניתן יהיה לבחון את הדברים על יסוד הניסיון שהצטבר והלקחים שהופקו.
"אפשר, בלא שרואים אנו לקבוע מסמרות בדבר, כי ההסדר החדש ייתן מענה לבעיות שהעלה, ובצדק עשה כן, העותר בעתירתו. אנו קובעים, אפוא, כי לעת הזו מיצתה העתירה את עצמה, והטיפול בה מסתיים בלא צורך בעשייתם של צווים מוחלטים. אך ברי הוא, כי בפני העותר פתוחה הדרך לשוב ולפנות לבית משפט זה בעתיד, ככל שיהא סבור כי יש בידיו עילה לכך. זאת, נשוב ונדגיש, לאחר שתינתן למשיבים הזדמנות הוגנת, לרבות מבחינת פרק הזמן הדרוש לכך, ליישם את שהתחייבו לו בתשובתם לעתירה זו".