ההוראה לביצוע הפיגוע בתחנה המרכזית הישנה בתל אביב יצאה מדמשק. כך אמר בשעות הצהריים (שישי, 21.4.06) ראש הממשלה (בפועל), אהוד אולמרט, בפגישה שקיים בירושלים עם חברי ועדת ההקצבות של הסנאט האמריקני. הוא הדגיש, כי דיווח נמסר מהשטחים למשרדי הג'יהאד האיסלאמי בדמשק על הביצוע ותוצאותיו.

בדבריו ציין אולמרט, כי ההוראות לפיגוע ברחוב נוה שאנן בתל אביב, פיגוע בו נרצחו תישעה בני אדם, הוא חלק ישיר מציר הרשע העובר בין טהרן לדמשק. בבירה הסורית יושבות כמה ממפקדות ארגוני הטרור. ראשי החמאס והג'יהאד מנהלים את פעילות הארגונים באופן גלוי ומוצהר. הג'יהאד האיסלאמי הוא הארגון אשר נטל את האחריות לביצוע הפיגוע.

ביחס לממשלת החמאס העומדת בראש הרשות הפלשתינית אמר אולמרט לחברי ועדת ההקצבות, כי בכל מקרה, ישראל מעדיפה את דרך המו"מ וההסדר, אך ישראל לא תמתין לאורך זמן לפלשתינים. "ההעדפה של ישראל היא להגיע להסדר, אך לא נמתין לפלשתינים לעד". לדבריו, הפלשתינים יפסיקו מכל מהלך חד-צדדי של ישראל.

בעקבות הפיגוע כינס אולמרט דיון מדיני-ביטחוני מיוחד בו נקבע כי האחריות לפיגוע היא של הרשות הפלשתינית המונהגת על-ידי החמאס. "הממשלה הפלשתינית נושאת באחריות לפעולת הטרור", אמר אולמרט.