סיפורו של המרגל הישראלי
אלי כהן מוכר לכל ישראלי, אך עובדת היותו חבר במסדר הבונים החופשיים לא פורסמה עד כה.
אלי כהן היה חבר המסדר הבונים החופשיים בעיר הולדתו באלכסנדריה, מצרים. שם הלשכה (מקום התאספות של בונים חופשיים) שבה הוא היה חבר היה "אגליטה" (שוויון בצרפתית). אח המסדר שהמליץ עליו ללשכה היה איש עסקים בריטי שחי באלכסנדריה בשם ג'יימס הליפקס שבאותם ימים ניהל חברת ספנות שהקים אביו. כך, למשל, נכתב במאמרו של החוקר הבריטי ווסלי בריטון "תיק אלי כהן: שורשי מרגל": "ג'יימס הליפקס, אזרח בריטי שחי באלכסנדריה, סיפר שהוא צירף את אלי כהן אל לשכת הבונים החופשיים בשם "אגליטה" במהלך שנות ה-50".
עדות נוספת לכך היא התיאור שנתן אחיו הביולוגי של אלי כהן,
אברהם כהן, לעיתון מעריב בישראל על אחת החופשות של אלי כהן בישראל ממשימת הריגול שלו: "אבל את אברהם סקרנה במיוחד המזוודה הקטנה שהביא איתו. פעם פתח אותה וגילה חומר של הבונים החופשיים. כשהרים את הראש, ראה את אלי עומד מעליו: "מוצאת חן בעיניך המזוודה שלי?", שאל בחיוך".
אך מתברר שבנוסף לפעילות רגילה של בונים חופשיים, אלי כהן וג'יימס הליפקס פעלו יחדיו בלשכת הבונים החופשיים כדי להעביר באופן מחתרתי נשק צבאי לצה"ל. לפי עדויות, כהן והליפקס גייסו כספים דרך אחים בלשכת "אגליטה" באלכסנדריה כדי לרכוש כמויות גדולות של נשק שנשאר מקרבות מלחה"ע השנייה. לאחר מכן, הם ניצלו את המשאבים שעמדו בפני חברת הספנות שניהל אביו של הליפקס כדי להבריח את הנשק לישראל. עדות לכך נתן אחיו הביולוגי של אלי כהן, אברהם כהן, בהרצאה במרכז דהאן: "חברותו של אלי בלשכת הבונים החופשיים לא הייתה למראית עין, הוא גייס כספים שם. בקורות חייו הוא ציין אדם בשם ג'יימס הליפקס כממליץ עליו... ואח"כ שמעתי ממנו כי הם היו מגייסים כספים ביחד משדות אל-עלמיין, אזור הקרב בין מונטגומרי ורומל במלחה"ע ה-2, היו שדות של תחמושת זרוקים שם והבדואים היו סוחרים בהם והיו ממלאים ארגזים. ואביו של אותו ג'יימס הליפקס היה מנהל בחברת ספנות בשם helenik meadeterenian line והם העבירו בארגזים תחמושת ונשק לישראל עוד לפני שאלי עלה ארצה".
שרשרת פתוחה
אזכור נוסף לכך אפשר למצוא בספרו של ווסלי ברייטון: "אביו של הליפקס, בונה חופשי בעצמו, היה בעל חברת ספנות יוונית שהעבירה סחורות בין הנמלים של אלכסנדריה, ביירות וחיפה. סופר כי כהן והליפקס השתמשו בחברה כדי להבריח נשק למדינת ישראל מצפון אפריקה. בנוסף סופר כי אלי כהן השתמש בחברותו במסדר הבונים החופשיים כדי לגייס כסף מחברי הלשכה בשביל לקנות את הנשק מהבדואים שגנבו את הנשק מהבריטים".
ב-17.11.2015 אחד ממסדרי הבונים החופשים בישראל בשם הלשכה הגדולה "ירושלים" של בונים חופשיים בישראל, ערך אירוע אזכרה לאלי כהן במרכז למורשת מודיעין. אירוע זה כלל טקס ייחודי של מסדר הבונים החופשיים לזכר בונה חופשי שנפטר בשם "שרשרת פתוחה" (הכוונה לשרשרת אחי המסדר אשר נשארת פתוחה עקב חסרונו של האח). במהלך הטקס הושמעו קטעי מוזיקה לזכרו של אלי כהן. את הקטעים אח המסדר גידי אהרונוביץ, חלילן במקצועו, ותזמורת נערים מהקונסרבטוריון של ראשון לציון.
בנוסף, מסדר הלשכה הגדולה "ירושלים" הכריז במהלך הטקס כי הוא יקים לשכת בונים חופשיים חדשה בישראל שתיקרא על שמו של אלי כהן ז"ל. אורחי הכבוד של הערב היו בני המשפחה של אלי כהן ז"ל. אחיו, אברהם כהן, (בונה חופשי בעצמו) אף גולל את הפרשה מנקודת המבט הפרטית הכאובה כל כך. את הטקס הנחה הנשיא הגדול של הלשכה הגדולה "ירושלים", ד"ר מרדכי צבירן, ובוים על-ידי אחי המסדר מיקי יוסף וניר ווילד.
