המהפך השלטוני במצרים משנה לחלוטין את המערך הפוליטי הפנימי ואת האיזונים בין הזרמים הפוליטיים. מאז הניסיונם של האחים המוסלמים להתנקש בחייו של גמאל עבדול נאצר בשנת 1954, נאסרה השתפותן של המפלגות הדתיות בבחירות במצרים, והאחים המוסלמים ושאר הקבוצות הדתיות הוצאו אל מחוץ לחוק.
התיאורטיקן של האחים המוסלמים, סייד קוטב, הכריז בשנות ה-60' של המאה הקודמת כי "הדרך היחידה להקמת המדינה האיסלאמית היא השימוש באלימות. כל הממשלות במדינות האיסלאם אינן לגיטימיות, ועל הרפורמה היחידה לשינוי להתבסס על שימוש בכוח לשם חיסול משטרים אלה, משמע: קריאה לג'יהאד". למרות שסייד קוטב נשפט ונתלה על-ידי משטרו של נאצר, הקבוצות הטרוריסטיות במצרים אימצו את תורתו והלכו בדרכו.
בבחירות שהתקיימו ב-2005, הצליחו האחים המוסלמים להשתתף בבחירות כמועמדים עצמאיים, וזכו ב-88 נציגים, שהם 19 אחוזים מן הקולות. זאת, בשל דרישתו של נשיא ארה"ב
ג'ורג' בוש, לקיים בחירות חופשיות.
ההתקוממות האחרונה במצרים שיפרה את מעמדם של האחים המוסלמים עוד יותר. הם הכריזו על כך שיקימו בבוא הזמן מפלגה בשם "החירות והצדק". גם הזרמים האיסלאמיים האחרים, כמו הקבוצה האיסלאמית, הסלפים והג'יהאדיסטים, הכריזו על כוונתם להקים קואליציה איסלאמית.
עבוד אלזומר, אחד השותפים ברצח אנוור סאדאת, אשר שוחרר לאחרונה ממאסרו לאחר שריצה 29 שנים, הכריז: "אני מדגיש כי הקבוצה האיסלאמית תאמץ את ההתנערות מן האלימות ותלך בדרכי שלום. ההוכחה לכך היא שאיפתה לייסד מפלגה פוליטית".
האם האחים המוסלמים יתפסו את השלטון?
האחים המוסלמים הם גוף פוליטי מאורגן הפועל בהתמדה מאז היווסדו בשנת 1928. בארבעת העשורים האחרונים פסקו חבריו לעסוק בטרור, מתוך השקפה כי פועלם הדתי והחברתי יש בכוחו למשוך המונים. מגמותיהם ברורות ומוצהרות: הם חותרים להקמת משטר הלכתי, וכמו תנועת חמאס - הם מתנגדים לקיומה של מדינת ישראל.
אך יש לזכור, כי בתחילת ההתקוממות הנוכחית במצרים, ניסו אומנם האחים המוסלמים לרסק את הפסלים במוזיאון המצרי ולשרוף אותו, ובכך ללכת בדרכי הטליבאן שניתץ את פסלי בודהה באפגניסטן. המניע למעשים אלה של המוסלמים הקנאים הוא תיעובם העמוק את התרבות הפרעונית, שבה הם רואים עבודת אלילים. מי שהציל את אוצרות המוזיאון באותו ערב היו אותם צעירים מצריים בכיכר אלתחריר, שהפגינו נגד שלטונו של מובארק. האירוע של הצלת המוזיאון מוכיח כי התנגדותם לאחים המוסלמים היא עזה.
לפיכך, בטווח הקרוב לא נראה כי האחים המוסלמים יצליחו לתפוס את השלטון. האחים המוסלמים לא יזמו את המהפך השלטוני במצרים, והם אף הופתעו ממנו. הסיסמאות שהעלו המפגינים לא קראו "מוות לישראל ולאמריקה"; הדגלים של ישראל ושל ארה"ב לא נשרפו, והדבר עורר תדהמה בקרב סופרים רבים. מניעי ההתקוממות נשאו סימנים של שאיפה לשיפור רמת החיים, מלחמה בשחיתות וביסוס ערכי הדמוקרטיה. במצרים יש רוב המתנגד לקבוצות המוסלמיות, שמורכב מן החילוניים, הקופטים (המהווים 11 אחוזים מן האוכלוסיה) והצבא. זה האחרון רואה ביחסים עם ארה"ב אינטרס עליון, ובשלום - בחירה אסטרטגית. בעיני אנשי הצבא, השלום מהווה ערובה לקיומה הכלכלי של מצרים, משום שבלעדיו, יתמוטטו עמודי התווך של הכלכלה המצרית: תעלת סואץ, התיירות, הנפט והסיוע האמריקני.
יהיה אופיו של השלטון במצרים אשר יהיה, נראה כי בטווח הקצר, עיקר עיסוקו יתמקד בענייני פנים ולא בישראל, וזאת על-מנת לתת מענה למניעי ההתקוממות, שהם כאמור כלכליים-חברתיים.
בטווח הארוך, קשה לנבא את ההתפתחויות. גם אם אין סיכוי שהאחים המוסלמים ישלטו במצרים או יזכו בנשיאות, הרי שבעידן החדש שנפתח במצרים כוחם יגבר, והם יפעילו את השפעתם למימוש מדיניות של פתיחות יתר כלפי שלטון חמאס ברצועת עזה.
נוכח כל אלה, על ישראל להביא בחשבון את צפי אפשרי חמור ולהתכונן לו, הן במישור הצבאי והן במדיני, כדי לערוב לביטחונה של המדינה.