עורך ומגיש תוכניות רדיו וטלוויזיה
בשנים 1963-1959 ערך הכהן בקול ישראל את "יין ישן נושן" - סדרת תוכניות רדיו על שירי זמר עבריים ראשונים ויוצריהם ובין השנים 1972-1963 ערך תוכניות רדיו על תולדותיה ומקורותיה של זמרת הארץ, ובהן הסדרות: "מי יודע", "יפים הלילות בכנען", "שירים והרהורים", "ארץ חמדת אבות". לאורך השנים ערך והגיש עשרות תוכניות רדיו וטלוויזיה, העוסקות בזמר העברי.
הידועות שבהן: "שרתי לך ארצי" ו"על הדשא". בתוכניות רדיו וטלוויזיה אלה ובנוספות שערך והגיש, חשף לציבור הרחב את מקורם של שירים, השמיע הקלטות נדירות ואירח כותבי מילים ומלחינים שסיפרו על שיריהם.
"שרתי לך ארצי"
הידועה מבין תוכניות הטלוויזיה שערך והגיש אליהו הכהן, היא סדרת התוכניות "שרתי לך ארצי" לצדו של
דן אלמגור, ששודרה בערוץ הראשון בשנים 1974-76 ועסקה בשירים שנכתבו והושרו מראשית ההתיישבות בארץ ועד לקום המדינה. כן ערך והגיש הכהן סדרת תוכניות "אנחנו שרים לך" ו"על הדשא" שהוקלטו על הדשא ביישובים בעיקר קיבוצים בכל רחבי הארץ, סדרה המספרת את תולדות הזמר העברי בארץ ישראל.
ד"ר טלילה אלירם, מנהלת המרכז לחקר השיר הישראלי באוניברסיטת בר-אילן מציינת כי התוכניות "שרתי לך ארצי" הן אוצר בלום להכרת הזמר העברי ותולדותיו שכן היו בהן לא רק שירים אלא גם דמויות היסטוריות שסיפרו על השירים ואפשרו לצופים להכיר את השירים שהיו הבסיס לתרבות הזמר העברי הישראלי.
ד"ר טלילה אלירם ספדה לאליהו הכהן בדף הפייסבוק: " אליהו הכהן. עבורי היה הכהן הגדול של הזמר העברי, האורים ותומים שידע לענות על כל שאלה ששאלתי אותו, ותמיד ענה לי בהרחבה, בפירוט ובסבלנות רבה. היה לו ידע רחב בכל תחומי הזמר העברי, במיוחד בתולדות הזמר העברי המוקדם, והוא חלק אותו עם כל מי שפנה אליו וביקש להיעזר בו, ותמיד במאור פנים".
ד"ר טלילה אלירם מספרת כי אליהו הכהן הגיש במשך שנים לא מעט אירועי זמר בסמינר לוינסקי, שהוקדשו לחלוצי הזמר העברי והחינוך המוזיקלי, בהם חלק מהמידע שלו על היוצרים ובוצעו שיריו. אירועי זמר אלה היו מבוקשים מאוד ומיד עם התפרסם אירוע, כבר אי-אפשר היה להשיג כרטיסים, עובדה שמצביעה על העניין שהקהל גילה בתוכניות אלה.
לפני שנה תרם חלק ניכר מספרייתו הענפה העוסקת בזמר העברי, כתבי עת, ספרים ותקליטים יקרים מפז לספריית המחלקה למוזיקה באוניברסיטת בר-אילן .
ידען ומרצה מבוקש
בקיאותו וידענותו הרבה בנושאי הזמר העברי ובתולדות הישוב בארץ בשילוב יכולתו לספר סיפור בצורה מרתקת הפכו את הכהן למרצה מבוקש ורבים וטובים ובהם חוקרי זמר והיסטוריה בעלי שם פנו אליו לאורך השנים להתייעץ ולברר נושאים שונים בתחום .
במשך עשרות שנים "חרש" את הארץ לאורכה ולרוחבה והרצה והנחה אירועים בתחום הזמר העברי. בשנים 1979-1970 ערך הכהן מסע הרצאות בהתיישבות העובדת על מקור והשפעה בזמר העברי ברחבי הארץ ובשנים 2012-2001 ערך סדרת מופעים ברחבי הארץ על שירת היישוב לתקופותיה, בליווי הזמרת אורה זיטנר.
בנוסף לתוכניות רדיו וטלוויזיה פרסם אליהו הכהן ספרים מאמרים ומחקרים רבים בנושאי הזמר העברי ובהם: "בכל זאת יש בה משהו" - שירי הזמר של תל אביב (1985).
לוין קיפניס - ביבליוגרפיה (1998), מאתיים שנות המקראה העברית, 1989-1788 ועוד רבים.
פרס ישראל על תרומה מיוחדת לחברה ולמדינה
אליהו הכהן עוטר בשורה של פרסים ואותות הוקרה. ב-2005 זכה בפרס אנגל למחקר המוזיקה העברית וב-2007 זכה בפרס הרצל לקידום הציונות וב-2008 עוטר באות יקיר העיר רמת גן. בשנת 2010, הוענק לו אות הוקרה על מפעל חיים בזמר העברי, מטעם אוניברסיטת בר-אילן. במסגרת אירוע המוזיקה השנתי של האוניברסיטה "מי אני? שיר ישראלי!
ב-2013 הוענק לו פרס ישראל על מפעל חיים, תרומה מיוחדת לחברה ולמדינה לשנת תשע"ג "על תרומתו לתרבות העברית בחקר השיר והפזמון".
בנימוקי ועדת השופטים להענקת הפרס נאמר בין השאר, כי אליהו הכהן חשף בתוכניות הרדיו והטלוויזיה, במאמריו, ובמחקריו את פועלם החלוצי של ראשוני יוצריה של זמרת הארץ. "בסבלנות אין קץ דובב את אחרוני העדים, וכך הצליח להציל משכחה ודאית מידע חיוני ותוסס, שהוא עדות אותנטית של האפוס הציוני, עדות שאין למוצאה בספרי ההיסטוריה. הכהן היה מרצה מבוקש ובר סמכא בנושא הזמר העברי, ה"חורש" את הארץ לאורכה ולרוחבה ומנחיל את הידע העצום שלו על התפתחות ההווי המוזיקלי בארץ ועל תולדותיהם של שירים רבים ותולדות מחבריהם ואת אהבת הזמר העברי לציבור הרחב, מתוך שליחות פנימית הפועמת בו ללא לאות".
הלוויתו של אליהו הכהן נערכה (8.11.23) בבית העלמין צומת מורשה ברמת השרון. הותיר אחריו את רעייתו דליה שתי בנות איילת ואפרת ונכדים .