יושב-ראש ש"ס, השר אריה דרעי, תוקף (יום ד', 29.4.20) את החלטות ועדות הפרס להעניק את פרסי ישראל רק לאשכנזים. המתקפה באה בדיעבד, לאחר שהעיתונאי דוד חכם פרסם ציוץ שקבל על אפליית מזרחיים, כלשונו.

דרעי ציין כי היה מעוניין לראות ערבים מקבלים את הפרס, וצייץ בטוויטר: "‏עשרה זוכי פרס ישראל נבחרו לרגל יום העצמאות, ואף אחד מהם לא מזרחי או ערבי. חתני פרס ישראל ראויים, אבל איך לא נמצא אף חתן מזרחי או ערבי לקבל את הפרס באחד מתחומי החיים? בושה וכלימה. חבל מאוד שלא התקדמנו".

בעבר נמתחה ביקורת על משרד החינוך על כך שאין מספיק ייצוג נשי תוקן העניין. עם זאת, בפרס ישראל זכו בעבר מזרחיים וערבים, וגם בטקס הדלקת המשואות היה ייצוג לציבורים אלה. כמו-כן, הזמרים בטקס הענקת פרסי ישראל היו מזרחיים.