"בדוח ביקורת זה הועלו ליקויים, חלקם חמורים, הנוגעים להליכי איתור ומינוי של פקידים בכירים ללא קיום ועדות איתור; לפגיעה בעקרונות השוויון וההוגנות בתחום זה; לתנאי העסקתם של הפקידים הבכירים; ולפיקוח ולבקרה של הדירקטוריון בתחומים אלו. פעילותה של הנהלת רפאל בתחומים שנבדקו בדוח זה אינה עולה בקנה אחד עם כללי מינהל תקין, האמורים להיות נר לרגליה".

כך אומר (25.10.17) מבקר המדינה, יוסף שפירא. הוא מצא, כי בשונה מהגדרת פקידים בכירים בחוק החברות הממשלתיות, הנהלת רפאל לא קבעה בנוהל למינוי עובדים בכירים, כי מנהלי האגפים נמנים עם הפקידים הבכירים. דירקטוריון רפאל לא קיים דיון מעמיק בנוסח הנוהל ולא נתן דעתו לסוגיית מנהלי האגפים, ולמרות זאת אישר את הנוהל. רשות החברות אישרה את הנוהל אף שאינו עולה בקנה אחד עם ההגדרה שבחוק.

נוכח עמדת הנהלת רפאל בעניין אי-הגדרת מנהלי אגפים כפקידים בכירים, היא לא הקימה ועדות איתור למינוים, והמנכ"ל לשעבר, אלוף (מיל.) ידידיה יערי, לא ביקש את אישור הדירקטוריון למינויים אלו. כתוצאה מכך הדירקטוריון לא נתן דעתו לתקינות הליך האיתור ולא אישר את המינויים.

משנת 2013 ועד 1.1.16 מינה יערי 12 מתוך 16 הסמנכ"לים בלא שהנהלת רפאל הקימה ועדות איתור. הדירקטוריון אישר תשעה מ-12 מינויים אלו בלי שדן בתקינות הליכי האיתור והמינוי ובלי שדן בהתאמת המינוי לתקן החברה. את שלושת המינויים האחרים הנהלת רפאל כלל לא הביאה לאישור הדירקטוריון. בכך פגעו הנהלת רפאל והדירקטוריון בעקרונות שנועדו להבטיח, כי הליכי האיתור ואישור מינוים של הפקידים הבכירים יבוצעו בתנאים של שוויון הזדמנויות ותחרות הוגנת, כדי להביא למינוי המועמדים המתאימים ביותר לתפקיד.

משרד המבקר מצא ליקויים במינוייהם של שלושה סמנכ"לים: העדר נימוקים לפסילת חלק מן המועמדים, העדר תיעוד לראיונות עם המועמדים והעדר הנמקה בכתב לבחירה במי שנבחרו. הנהלת רפאל קבעה בינואר 2015, בהסכם עבודה שנחתם עם אחד מן השלושה, שכר שחרג ב-26% מהשכר שאישר לו הדירקטוריון: 57,063 שקל לחודש במקום 45,544 שקל. בכך היא אף פעלה בניגוד להחלטת רשות החברות, ולפיה עידכון שכרם של הפקידים הבכירים בחברה ממשלתית כמו רפאל יהיה כפוף לאישורם של הדירקטוריון ורשות החברות.

בניגוד לקבוע בחוק החברות הממשלתיות, בשנים 2015-2013 נתנה רפאל מענקי חתימה לעובדים חדשים שהיא עמדה לקלוט או מענקי שימור לעובדים קיימים ובסך-הכל לשמונה פקידים בכירים, שישה מהם מנהלי אגפים, בלי שהנהלת החברה הביאה את הנושא לדיון בדירקטוריון ולאישורו, וממילא לא ניתן אישור.

הנהלת רפאל שילמה פיצויים מוגדלים לשלושה סמנכ"לים שפרשו, שהיו בעבר בדירוג מחקר וקיבלו תגמולים רבעוניים על-פי חוזה העבודה האישי שלהם, בלי שפנתה לרשות החברות בבקשה להעלות את הנושא לדיון בדירקטוריון. מדובר בתוספות של כ-300,000 שקל לכל אחד מהם. לגבי שניים משלושת הסמנכ"לים, לא דן הדירקטוריון במרבית השיקולים שהיה עליו לדון בהם על-פי הנחיית הרשות, בבואו לאשר את הפיצויים המוגדלים. לא היו נסיבות חריגות שהצדיקו את התשלומים.