הפרשה עצמה נחשפה בזמנו בעקבות תלונה שהוגשה למבקר המדינה, לפיה אנשים משלמים לשקלים בגין ייעוץ, ומקבלים ממנו קבלות בגין תרומה, המזכות אותם בהחזר כספי.

ממסכת הראיות עולה כי העמותה תרמה חלק זניח מהכנסותיה המדווחות, וחלק נמוך עוד יותר מהכנסותיה הלא מדווחות. בשנים 1997-1995 סכומי התרומות שהצהירה העמותה לא עלו על 22.6% מסכום ההכנסות שדווח ועל 6.54% מסכום ההכנסות הלא מדווח.
בשנים 2000-1998 דיווחה העמותה על העדר תרומות בכלל.

לדברי בית המשפט, בניגוד למצג הכוזב שיצר שקלים בפני רשויות המס - לפיו העמותה מתנהלת כביכול כדין, על-ידי חבריה, שכביכול מילאו תפקידים שונים בעמותה, התכנסו לישיבות וקיבלו החלטות - התמונה המתקבלת היא שמלבד הנאשם, איש מחברי העמותה לא נשא בתפקיד כלשהו בעמותה ולא ביצע פעילות כלשהי במסגרת העמותה. כמו-כן, מציין בית המשפט, איש מהחברים לא חתם על מסמך כלשהו של העמותה, מלבד מסמך ההצטרפות לעמותה, ואיש לא אישר לנאשם או לאחר לחתום בשמו על מסמכי העמותה, או היה מודע לפעילויות העמותה או להכנסותיה.

דוגמה לאחד מהגורמים "החיים" בעמותה אותו הציג שקלים היה אדם בשם אברהם קורסיה. קורסיה העיד בבית המשפט כי הוא בעל 65% נכות צמיתה, מתקשה בשמיעה ובעמידה. קורסיה מסר שמעולם לא היה פעיל בעמותה כלשהי. לדבריו, הכיר את שקלים באמצעות מעבידו דאז, יוסף ניסן. קורסיה העיד כי יוסף ניסן החתים אותו על טופס ההצטרפות לעמותה, וכי הבין שמדובר בטופס הצטרפות לעמותה שמטרתה סיוע לבחורי ישיבה נזקקים. קורסיה ציין כי לא שימש בתפקיד כלשהוא בעמותה, ואינו יודע מה היו פעולותיה. "אמרו לי לחתום וחתמתי. לא היה לי תפקיד ולא שום דבר", אמר.

עוד התגלתה במסגרת המשפט אי-התאמה בין ההכנסה המוצהרת של שקלים לבין נכסיו בפועל. שקלים הצהיר על משכורות נמוכות בגובה של בין 30,000 ל-40,000 ש"ח לשנה, אולם סכומי השתכרות אלה לא התיישבו עם העובדה שבבעלותו 5 יחידות דיור, שאחת מהן היא וילה מפוארת, וכי ממשכורות אלה היה עליו לפרנס משפחה בת 5 או 6 נפשות.