מתן עצמאות מינהלית למערכת בתי המשפט ומינוי מבקר חיצוני לפרקליטות - אלו ההמלצות המרכזיות של עו"ד גיא לוריא מן המכון הישראלי לדמוקרטיה, במחקר שערך בהנחייתו של פרופ'
מרדכי קרמניצר.
לדברי לוריא, "מן הראוי לחזק את העצמאות המוסדית של בתי המשפט בישראל באמצעות העברת סמכויות ניהול משר המשפטים למערכת בתי המשפט. העצמאות המוסדית היא אמצעי חשוב לשמירה על עצמאות השפיטה העניינית, שהיא אמצעי להגנה על שלטון החוק ועל ערכי הדמוקרטיה".
באופן מעשי, מציע לוריא לחוקק חוק יסוד אשר יעגן את מעמדה של הרשות השופטת. שנית, מוצע שהרשות השופטת תקבל סמכויות בתחום התקנת סדרי הדין, תחום המצוי כיום כולו בידי שר המשפטים. את קביעת סדר הדין הפלילי מציע לוריא להותיר בידי הכנסת; סדרי הדין בבג"ץ ייקבעו בידי הרשות השופטת בפיקוח הכנסת; סדרי הדין האזרחיים יוצעו בידי הרשות ויאושרו בידי השר. הכנסת תשמור על סמכויותיה לפקח על תקנות סדרי הדין למיניהן.
עוד מוצע, כי הרשות השופטת תקבל סמכויות בתהליך התקצוב שלה, כך שתוכל להעביר כספים מסעיף לסעיף בלא אישור משרד האוצר. הרשות תעצב את תקציבה והממשלה תכלול אותו בהצעת התקציב הכללית. הממשלה והכנסת יוכלו לערוך, בהתייעצות עם הרשות, שינויים בהצעה - אך לא בתקציבו של בית המשפט העליון. הצעה נוספת היא, שהנהלת בתי המשפט תקבל עצמאות רבה יותר בתחום כוח האדם והיא שתקבע את סדרי המינהל. מנהל בתי המשפט ימונה בידי נשיא בית המשפט העליון באישורו של שר המשפטים, שגם יאשר את תוכנית המינהל הרב-שנתית של הרשות.
לוריא מציע גם להעביר לידי הרשות את סמכות ניהול כוח האדם השיפוטי, המצויה כיום בידי שר המשפטים. עוד מוצע ששר המשפטים יחויב להתייעץ עם הרשות בנושא הקמת בתי משפט ותחימת סמכויותיהם.
שופט בדימוס ימונה כמבקר הפרקליטות לדברי לוריא, אימוצן של הצעות אלו מחייב במקביל למנוע מצב בו נשיא בית המשפט העליון יהיה שליט יחיד. לפיכך הוא מציע שלוש חלופות: חלוקת סמכויות המינהל בין הנשיא, השר ומועצת שופטים שרובם ייבחרו בידי עמיתיהם ומיעוטם יכהנו בה מכוח תפקידם כנשיאי בתי משפט; מתן מלוא הסמכויות למועצת רשות שופטת בה יכהנו נציגי גורמים מן הרשויות ומן הציבור; ומתן מלוא הסמכויות למועצה כזו בה יכהנו גם חברים עצמאיים.
בנושא מבקר הפרקליטות אומר לוריא, כי הבקרה עליה כיום - מצד
מבקר המדינה, בתי המשפט, היועץ המשפטי לממשלה ואחרים - אינה מספקת. לכן הוא מציע ששר המשפטים ימנה, לאחר התייעצות עם היועץ המשפטי, שופט בדימוס (של בית המשפט העליון או בית המשפט מחוזי) כמבקר הפרקליטות ועל יתר זרועות התביעה הפלילית. למבקר תהיה סמכות לערוך ביקורות מערכתיות יזומות וסדירות, והוא יגיש את דוחותיו לשר, לכנסת וליועץ המשפטי.
עוד מוצע, כי מבקר הפרקליטות יהיה גם נציב לבדיקת תלונות נגד פרקליטים ותובעים בכל זרועות התביעה הפלילית. הוא לא יוסמך להטיל סנקציות, אלא במקרים שיימצא שהתלונה מוצדקת - יעביר אותה (במקרים הקלים) לטיפול פרקליט המחוז או פרקליט המדינה, ובמקרים קשים (של חשש לעבירה פלילית, משמעתית או אתית) יעביר אותה לגורמים המתאימים מחוץ לפרקליטות.