משרדי הביטחון והחינוך למעשה אינם מפקחים על המכינות הקדם-צבאיות בכלל, ועל פעילות החוץ שלהן בפרט. כך קובע משרד מבקר המדינה (יום ג', 2.7.19), בסיום הבדיקה המקדמית שערך בעקבות אסון נחל צפית באפריל 2018, בו נספו עשרה מחניכת מכינת בני ציון בטיול שקיימו למרות התראות מוקדמות מפני שטפונות. משרד המבקר הודיע, כי יבדוק שוב את נושא המכינות, הפיקוח עליהן והפקת הלקחים מן האסון.